| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 807,521 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 807,521 | 0 | A | T | 99.1% | 541.2 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (113/115); minor base G (2/0); total (115/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 807,522 | 0 | G | C | 99.6% | 540.2 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (114/115); total (115/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 807,523 | 0 | T | A | 99.1% | 535.5 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (112/115); minor base C (2/0); total (115/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
ATGCTGAAAAAGCTGAGTCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGGACGCCGATGGGCTTCTTCCTGACGATGTTTATGGGCGGCCCGTTACTGGGTTACCTGTTGTTGAGTCTGGCTGGCGTCGATGGCTGGGCGATGCGTCTGCTGCCAGCAATTTCTGTACTGGCACTGGTAGTGAGTGGCGTGGTGAGTGTGATGCAGGGCGCAGAGCTGGCGACTATTCATAGTTCTGTGCAGCAGGCCGCAGCGCTGGTGCCGGACTATGGTGCGCTGATGTCCTGGCGGATCGTGCTTTTGGCCGTTGCCCTGTGCTTGTGGATTGCACCACAGCTAAAAGGTTATCAGCCTGCGGTTCCGCTACTTTCTGTAAGTTTCATTCTGCTTCTGGCAGGGGAATTAATCGGTCGCGGCGTATTCTATGGTTTGCATATGACCGTGGGGATGGCCGTCGCAAGCTAATCATAACAACCG > CP042583/807242‑807802 ||| aTGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGGACGCCGATGGGCTTCTTCCTGACGATGTTTATGGGCGGCCCGTTACTGGGTTACCTGTTGTTGAGTCTGGCTGGCGTCGATGGCTGGGCGATGCGTCTGCTGCCAGCAATTTCTGTACTGGCACTGGTAGTGAGTGGCGTGGTGTCAGTGATGc < 1:395470/289‑1 (MQ=255) 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ATGCTGAAAAAGCTGAGTCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGGACGCCGATGGGCTTCTTCCTGACGATGTTTATGGGCGGCCCGTTACTGGGTTACCTGTTGTTGAGTCTGGCTGGCGTCGATGGCTGGGCGATGCGTCTGCTGCCAGCAATTTCTGTACTGGCACTGGTAGTGAGTGGCGTGGTGAGTGTGATGCAGGGCGCAGAGCTGGCGACTATTCATAGTTCTGTGCAGCAGGCCGCAGCGCTGGTGCCGGACTATGGTGCGCTGATGTCCTGGCGGATCGTGCTTTTGGCCGTTGCCCTGTGCTTGTGGATTGCACCACAGCTAAAAGGTTATCAGCCTGCGGTTCCGCTACTTTCTGTAAGTTTCATTCTGCTTCTGGCAGGGGAATTAATCGGTCGCGGCGTATTCTATGGTTTGCATATGACCGTGGGGATGGCCGTCGCAAGCTAATCATAACAACCG > CP042583/807242‑807802 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |