| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 807,701 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 807,701 | 0 | A | T | 99.6% | 649.8 / NA | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (133/139); minor base C (1/0); total (134/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 807,702 | 0 | G | C | 100.0% | 642.7 / NA | 270 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (133/137); total (133/137) | |||||||||||
| * | CP042583 | 807,703 | 0 | T | A | 99.3% | 633.4 / NA | 270 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base A (131/136); total (133/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
ACTGGGTTACCTGTTGTTGAGTCTGGCTGGCGTCGATGGCTGGGCGATGCGTCTGCTGCCAGCAATTTCTGTACTGGCACTGGTAGTGAGTGGCGTGGTGAGTGTGATGCAGGGCGCAGAGCTGGCGACTATTCATAGTTCTGTGCAGCAGGCCGCAGCGCTGGTGCCGGACTATGGTGCGCTGATGTCCTGGCGGATCGTGCTTTTGGCCGTTGCCCTGTGCTTGTGGATTGCACCACAGCTAAAAGGTTATCAGCCTGCGGTTCCGCTACTTTCTGTAAGTTTCATTCTGCTTCTGGCAGGGGAATTAATCGGTCGCGGCGTATTCTATGGTTTGCATATGACCGTGGGGATGGCCGTCGCAAGCTAATCATAACAACCGGGGTTTCGGCCCCGGTTCTCTTTTATTTCTGCTTCGTTAACGTGTCATAACTGGTCATCAAATTACGATAATCAGGAATGTGGTTAGAGAACAACGTCGCCAGTCCTTCAATATCATTACGCCAGTCGCGATGCAGCTCGCACGCCACGCCGAACCATGTCATCAA > CP042583/807421‑807968 ||| aCCTGTTGTTGAGTCTGGCTGGCGTCGATGGCTGGGCGATGCGTCTGCTGCCAGCAATTTCTGTACTGGCACTGGTAGTGAGTGGCGTGGTGTCAGTGATGCAGGGCGCAGAGCTGGCGACTATTCATAGTTCTGTGCAGCAGGCCGCAGCGCTGGTGCCGGACTATGGTGCGCTGATGTCCTGGCGGATCGTGCTTTTGGCCGTTGCCCTGTGCTTGTGGATTGCACCACAGCTAAAAGGTTATCAGCCTGCGGTTCCGCTACTTTCTGTATCATTCATTCTGCt > 1:647120/1‑286 (MQ=255) aCCTGTTGTTGAGTCTGGCTGGCGTCGATGGCTGGGCGATGCGTCTGCTGCCAGCAATTTCTGTACTGGCACTGGTAGTGAGTGGCGTGGTGTCAGTGATGCAGGGCGCAGAGCTGGCGACTATTCATAGTTCTGTGCAGCAGGCCGCAGCGCTGGTGCCGGACTATGGTGCGCTGATGTCCTGGCGGATCGTGCTTTTGGCCGTTGCCCTGTGCTTGTGGATTGCACCACAGCTAAAAGGTTATCAGCCTGCGGTTCCGCTACTTTCTGTATCATTCATTCTGCt > 2:813261/1‑286 (MQ=255) gtgttgATTGTGGCTGGGGTCGGTGGCTGGGCGATGCGTCTGCTGCCAGCAATTTCTGTACTGGCACTGGTAGTGAGTGGCGTGGTGTCAGTGATGCAGGGCGCAGAGCTGGCGACTATTCATAGTTCTGTGCAGCAGGCCGCAGCGCTGGTGCCGGACTATGGTGCGCTGATGTCCTGGCGGATCGTGCTTTTGGCCGTTGCCCTGTGCTTGTGGATTGCACCACAGCTAAAAGGTTATCAGCCTGCGGTTCCGCTACTTTCTGTATCATTCATTCTGCTTCTGGCAg < 2:1462947/288‑1 (MQ=255) aGTCTGGCTGGCGTCGATGGCTGGGCGATGCGTCTGCTGCCAGCAATTTCTGTACTGGCACTGGTAGTGAGTGGCGTGGTGTCAGTGATGCAGGGCGCAGAGCTGGCGACTATTCATAGTTCTGTGCAGCAGGCCGCAGCGCTGGTGCCGGACTATGGTGCGCTGATGTCCTGGCGGATCGTGCTTTTGGCCGTTGCCCTGTGCTTGTGGATTGCACCACAGCTAAAAGGTTATCAGCCTGCGGTTCCGCTACTTTCTGTATCATTCATTCTGCTTCTGGCAGGGGAAt > 2:488873/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |