| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 810,249 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 810,249 | 0 | A | T | 100.0% | 438.2 / NA | 184 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (88/96); total (88/96) | |||||||||||
| * | CP042583 | 810,250 | 0 | G | C | 100.0% | 433.9 / NA | 184 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (88/96); total (88/96) | |||||||||||
| * | CP042583 | 810,251 | 0 | T | A | 99.5% | 434.1 / NA | 184 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (88/95); minor base G (0/1); total (88/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 184 total aligned reads displayed.
ACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGTGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTAGTTGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCAGCACCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGGGTCAGTACCTGGATTAAACACACGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTAGCCTAATCAAAGAATATAGTGTCGTAGCGTTACAGGGGTTA > CP042583/809976‑810524 ||| aCTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGTGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGATTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCt < 2:13588/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |