Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 812,370 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 812,372 | 0 | T | A | 99.2% | 577.5 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (126/119); minor base C (1/1); total (129/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
CTTTAATATCAGGATATTCACGTGTGAAACCAACCAGTAAAGACATTAAAAATATACGTGCAGCTACCCGGGCGGCATTGATTTTGAGCGTTCCTGTCGGTGTCAGACGAAAATCATTCATCTCATCTAACATGATCTGAATTTCGTCGAAAGCTGGGCGCAATCGTTCATAGAGATTAGAACCCGCTTCCGTTAAGCTTACGCTTCGGGTTGTCCGATTGAATAAGCGAATTTTAAGACGTTGTTCCAGTGTTTTAATACTATGGCTAATGGCGGAGCTGGATAAGCCTAACTCATCGCCCGCTGCACGAAAGCTTTGATTACGGGCCACGGCAAAGAAAGTGGCAAAGTCAGACATATTCATCCGCATTAGTGAAAATCCTTCATTAACTCATCCTGAATCATCACGTTTACAGGATTATGCCGCCTGCGTAAAGTGCGCTCCAGAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATAGTTTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATG > CP042583/812093‑812654 ||| cTTTAATATCAGGATATTCACGTGTGAAACCAACCAGTAAAGACATTAAAAATATACGTGCAGCTACCCGGGCGGCATTGATTTTGAGCGTTCCTGTCGGTGTCAGACGAAAATCATTCATCTCATCTAACATGATCTGAATTTCGTCGAAAGCTGGGCGCAATCGTTCATAGAGATTAGAACCCGCTTCCGTTAACGATACGCTTCGGGTTGTCCGATTGAATAAGCGAATTTTAAGACGTTGTTCCAGTGTTTTAATACTATGGCTAATGGCTGACGAGGATAAGcc > 2:1532459/1‑289 (MQ=255) 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tGGCGGACGAGGATAAGCCTAACTCATCGCCCGCTGCACGAAAGCTTTGATTACGGGCCACGGCAAAGAAAGTGGCAAAGTCAGACATATTCATCCGCATTAGTGAAAATCCTTCATTAACTCATCCTGAATCATCACGTTTACAGGATTATGCCGCCTGCGTAAAGTGCGCTCCAGAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGAttcat > 2:1690902/1‑247 (MQ=255) tGGCGGACGAGGATAAGCCTAACTCATCGCCCGCTGCACGAAAGCTTTGATTACGGGCCACGGCAAAGAAAGTGGCAAAGTCAGACATATTCATCCGCATTAGTGAAAATCCTTCATTAACTCATCCTGAATCATCACGTTTACAGGATTATGCCGCCTGCGTAAAGTGCGCTCCAGAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATTCATTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCa > 2:1061697/1‑289 (MQ=255) ||| CTTTAATATCAGGATATTCACGTGTGAAACCAACCAGTAAAGACATTAAAAATATACGTGCAGCTACCCGGGCGGCATTGATTTTGAGCGTTCCTGTCGGTGTCAGACGAAAATCATTCATCTCATCTAACATGATCTGAATTTCGTCGAAAGCTGGGCGCAATCGTTCATAGAGATTAGAACCCGCTTCCGTTAAGCTTACGCTTCGGGTTGTCCGATTGAATAAGCGAATTTTAAGACGTTGTTCCAGTGTTTTAATACTATGGCTAATGGCGGAGCTGGATAAGCCTAACTCATCGCCCGCTGCACGAAAGCTTTGATTACGGGCCACGGCAAAGAAAGTGGCAAAGTCAGACATATTCATCCGCATTAGTGAAAATCCTTCATTAACTCATCCTGAATCATCACGTTTACAGGATTATGCCGCCTGCGTAAAGTGCGCTCCAGAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATAGTTTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGGCAATG > CP042583/812093‑812654 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |