| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 813,111 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 813,111 | 0 | A | T | 99.5% | 509.9 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 813,112 | 0 | G | C | 99.5% | 508.0 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (104/111); minor base A (1/0); total (105/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 813,113 | 0 | C | G | 100.0% | 509.2 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (105/111); total (105/111) | |||||||||||
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
TACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAAAGTTTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGAGCTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGAAATTAGAACATTACCTTATGACCGTACTGCTCAAGAATGCCTTTCACGCGTTCCATGGTCTCTTTCTTCGGTGGTTTAACACCGTCGAGTTTGTACTCTTCACCCATTGCCACCCATTTGTGTTTGCCCAGCTCGTGGTAGGGGAGAAGCTCGATT > CP042583/812835‑813387 ||| tACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTAtct < 2:1394154/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |