Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 828,183 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 828,183 | 0 | A | T | 100.0% | 470.2 / NA | 200 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (104/96); total (104/96) | |||||||||||
* | CP042583 | 828,184 | 0 | G | C | 99.0% | 460.9 / NA | 200 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (102/95); minor base A (2/0); total (104/96) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 828,185 | 0 | C | G | 99.5% | 463.3 / NA | 200 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (103/96); minor base T (1/0); total (104/96) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
GCACATCGCTTTTGCGGCGTTGCTGGCTGCCGGACTCATTCGCAGTGGACAAATTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCAGCCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCAGCTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGG > CP042583/827903‑828461 ||| ctttGCTGCGTTGCTGGCTGCCGTACTCATTAGCAGTGGACAAATTTTTCTTCATGGGCGTTGGATCCACTGGCAAATTCCAGTAATTTGCTGAATCTGCTGTGCTACTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCGGCATTGCGTACCATGTTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGct < 2:1971134/287‑1 (MQ=255) ttGCGGCGTTGCTGGCTGCCGGACTCATTCGCAGTGGACAAATTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGctc > 1:1150131/1‑287 (MQ=255) gACTCATTCGCAGTGGACAAATTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCAt < 2:1150131/288‑1 (MQ=255) aTTCGCAGTGGACAAATTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGatat > 1:1336876/1‑289 (MQ=255) ttCGCAGTGGACAAATTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATAtt < 1:1779262/289‑1 (MQ=255) gACAAATTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCa > 1:1961006/1‑289 (MQ=255) gACAAATTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCa > 1:719910/1‑289 (MQ=255) aaTTTTTCTGCCTGGGGGCTGGATCCACTGGAAAATTCCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTgg < 2:1354022/289‑1 (MQ=255) aaTTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCGACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTgg < 1:1230767/289‑1 (MQ=255) aaTTTTTCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGACATTTTGGTATCAGTgg < 1:1997423/289‑1 (MQ=255) tttttCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGCTGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCCTTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGGCGCGGCCTTGATATTTTTGTATCTGTGGtt > 2:1498453/1‑289 (MQ=255) ttCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTcc < 2:1336876/289‑1 (MQ=255) ttCTGCCTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTcc < 1:1678755/289‑1 (MQ=255) cTGGGCGCTGGATCCACTGGCAAATATCATTACTTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGAAATTTTGCTGATGTATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTcc < 1:801990/289‑1 (MQ=255) cACTGGCAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCGTTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTgc < 2:1669960/289‑1 (MQ=255) cAAATACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCgg > 1:1613931/1‑289 (MQ=255) aaaTACCATTAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGt > 2:137284/1‑289 (MQ=255) ttAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGt > 1:174760/1‑288 (MQ=255) ttAATTGGCGGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGt > 1:901553/1‑288 (MQ=255) gctgtgctgCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTcat < 1:1403994/289‑1 (MQ=255) tgctTTTTATGCCTGGTTGACGAGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTg < 2:43918/289‑1 (MQ=255) tGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTcgc > 1:1358215/1‑192 (MQ=255) tGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTg > 1:1252008/1‑257 (MQ=255) ggTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATca < 2:1093449/288‑1 (MQ=255) gTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTTGTTCCCTCATGCCTCTGCCACTGGGAATccc > 2:1860318/1‑286 (MQ=255) tGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCacac < 1:1646988/288‑1 (MQ=255) tGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCT‑CGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACtt < 2:720504/289‑1 (MQ=255) gaacggAATGCAACCTCCTTCATTGCGAACACTGGTGGCGCTTGCTACGTGTGGAATGATTAAGTTAAGTGGGCGACAGTCGAGTGGCTGGGATGGATGGAGATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTGGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCTGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACtt < 2:1926113/285‑1 (MQ=255) gACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACtt < 1:1423616/289‑1 (MQ=255) gACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACtt < 2:901553/289‑1 (MQ=255) aCGGGAAAGCAACCTCCTGCATTGCGGACCATGGTGGGGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTTCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACtt < 2:1404072/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |