Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 831,551 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 831,551 | 0 | A | T | 99.5% | 513.6 / NA | 219 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 831,552 | 0 | G | C | 100.0% | 509.7 / NA | 219 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (106/113); total (106/113) | |||||||||||
* | CP042583 | 831,553 | 0 | C | G | 100.0% | 510.0 / NA | 219 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (106/113); total (106/113) |
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
TCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGTTGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTAAGCCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGAGCGCAGATACCACAACAGCACAGGC‑GGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGAGCGT > CP042583/831273‑831831 ||| tcgggtctgggGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCATTCGCGTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGGAATCCGTCTTTGCGATAAACTAAAACGGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGGACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGTTGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATAc < 2:1150955/286‑1 (MQ=255) gagtCCCCTGTGGGGCGTCTATTGCTGCCTCTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGGGTGGCGGGATCCGTCTTTGCTATAACCTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGTTGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGca < 2:303117/285‑1 (MQ=255) tCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGTTGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAgg < 2:406880/289‑1 (MQ=255) tCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGTTGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAg > 1:593514/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |