Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 832,286 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 832,286 | 0 | A | T | 99.1% | 539.9 / NA | 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (106/123); minor base C (1/1); total (107/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 832,287 | 0 | G | C | 99.6% | 539.4 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (107/124); total (108/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 832,288 | 0 | C | G | 99.1% | 544.8 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (107/123); minor base T (1/1); total (108/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
TGTGTGGCGTACAACCGGAAAAATGTGTACCGCTGGCCGATCATCAGTCTTTGAACCATGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTAGTGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAATTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGAGCCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGAGCTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCAT‑CAATATTGTTGCCCGTAGTCCATATCTGGTGCTTTTCAGTCGTCTGGGAAATTATCCTGCCCAGTGGCTGGATGAGTCTCTGGCGCGT‑GGCGAATTAATGGAATACTGGGCGCATGAAGCCTGCTTTATGCCGCGTAGCG > CP042583/832008‑832568 ||| tgtgGCGTACAACCGGAAAAATGTGTACCGCTGGCCGATCATCAGTCTTTGAACCATGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa > 1:1236785/1‑287 (MQ=255) 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cGTTCGATGGTTGGGGTCAGGAATGCCTCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGTTCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCAT‑CAATATTGTTGCCCGTAGTCCATATCTGGTGCTTTTCAGTCGTCTGGGAAATTATCCTGCCCAGTGGCTGGATGAGTCTCTGGCGCGT‑GGCGAATTAATGGAATACTGGGCGCATGAAGc < 2:713330/288‑1 (MQ=255) ttCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGCGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCGT‑CAATATTGTTGCCCGTAGTCCATATCTGGTGCTTTTCAGTCGTCTGGGAAATTATCCTGCCCAGTGGCTGGATGAGTCTCTGGCGCTA‑GGCGAATTAATGGAATACTTGGGGCCTGAAGCCt > 2:640299/1‑288 (MQ=255) atgaatgtCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAA‑CCCGCCGTCGAGCCGCCTTGGAAGATATTCCGGCAACGAACTCCCGGCTGTCCTTTCCTCAAATCGATACCATCCATTATTGTT‑CCCGTAGTCCATTACTGGTGCTTTTCAGTCCTCTGGGAAATTAATCTGCCCAGTGGCCGGATGCGTCTCTGGCCCGTGGGCGATTTACT‑GAATTCTTGGCCCATGGAGGCTGGttttctgcgcgttacg > 2:597103/1‑276 (MQ=255) ||| TGTGTGGCGTACAACCGGAAAAATGTGTACCGCTGGCCGATCATCAGTCTTTGAACCATGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTAGTGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAATTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGAGCCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGAGCTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCAT‑CAATATTGTTGCCCGTAGTCCATATCTGGTGCTTTTCAGTCGTCTGGGAAATTATCCTGCCCAGTGGCTGGATGAGTCTCTGGCGCGT‑GGCGAATTAATGGAATACTGGGCGCATGAAGCCTGCTTTATGCCGCGTAGCG > CP042583/832008‑832568 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |