Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 832,370 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 832,370 | 0 | A | T | 99.0% | 477.9 / NA | 205 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (95/107); minor base G (1/1); total (97/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 832,371 | 0 | G | C | 99.5% | 479.4 / NA | 205 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (96/108); minor base T (1/0); total (97/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.73e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 832,372 | 0 | C | G | 99.5% | 475.3 / NA | 205 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (96/108); total (97/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.73e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
CGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTAGTGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAATTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCA‑TGAATGAGCCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGAGCTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCAT‑CAATATTGTTGCCCGTAGTCCATATCTGGTGCTTTTCAGTCGTCTGGGAAATTATCCTGCCCAGTGGCTGGATGAGTCTCTGGCGCGT‑GGCGAATTAATGGAATACTGGGCGCATGAAGCCTGCTTTATGCCGCGTAGCGACTTTCGTCTTATTCGCCACCGCATGCTGGCACCTGAAAAAATGGGCTGGAAATACAAAGACGCCTGGATGCAGGAACATG > CP042583/832093‑832649 ||| ggCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCA‑TGAATGTCGCTGCCGCACCTCGCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCCAGCGTCGTTGGAGGaaat > 2:1877134/1‑289 (MQ=255) aaaCGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCA‑TGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTcc < 1:584464/289‑1 (MQ=255) ggTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCA‑TGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACg < 1:1358918/289‑1 (MQ=255) aCTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCA‑TGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTccc > 1:842613/1‑289 (MQ=255) 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ggCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCA‑TGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATAcc > 1:1426693/1‑289 (MQ=255) gCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCA‑TGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATAcc < 2:935895/288‑1 (MQ=255) gCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCA‑TGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATAcc < 2:1440505/288‑1 (MQ=255) 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agaaAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCA‑TGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCAT‑CAATAttgtt < 1:910430/289‑1 (MQ=255) agaaAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCA‑TGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCAT‑CAATAttgt < 1:566313/288‑1 (MQ=255) agaaAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACGGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCA‑TGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCAT‑CAATAttgt < 1:1597474/288‑1 (MQ=255) aaTTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCA‑TGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCAT‑CAATATTGTTGccc > 1:987562/1‑289 (MQ=255) aTTGGTTGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCA‑TGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTGCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCAT‑CAATATTGTTGCCCg < 1:97873/289‑1 (MQ=255) aTTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCA‑TGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCAT‑CAATATTGTTGCCCg < 1:1142145/289‑1 (MQ=255) aTTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCA‑TGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCAT‑CAATATTGTTGCCCg < 2:842613/289‑1 (MQ=255) aTTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCA‑TGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCAT‑CAATATTGTTGCCCg < 1:1384426/289‑1 (MQ=255) aTTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCA‑TGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCAT‑CAATATTGTTGCCCg < 1:1448756/289‑1 (MQ=255) 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acccccGCCGTCGTGCGTCGTTGGAGGATCTTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCAT‑CAATATTGTTGCCCGTAGTCCATATCTGGTGCTTTTCAGTCGTCTGGGAAATTATCCTGCCCAGTGGCTGGATGAGTCTCTGGCGCGT‑GGCGAATTAATGGAATACTGGGCGCATGAAGCCTGCTTTATGCCGCGTAGCGACTTTCGTCTTATTCGCCACCGCATGCTGGCACCTGAAAAAATGGGCTGGAAATACAAAGACGCCTGGATGCa < 2:14711/287‑1 (MQ=255) acCCCGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCAT‑CAATATTGTTGCCCGTAGTCCATATCTGGTGCTTTTCAGTCGTCTGGGAAATTATCCTGCCCAGTGGCTGGATGAGTCTCTGGCGCGT‑GGCGAATTAATGGAATACTGGGCGCATGAAGCCTGCTTTATGCCGCGTAGCGACTTTCGTCTTATTCGCCACCGCATGCTGGCACCTGAAAAAATGGGCTGGAAACACAAATACGCCTGGAAGccg > 2:1712830/1‑287 (MQ=255) cccGCCGTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCAT‑CAATATTGTTGCCCGTAGTCCATATCTGGTGCTTTTCAGTCGTCTGGGAAATTATCCTGCCCAGTGGCTGGATGAGTCTCTGGCGCGT‑GGCGAATTAATGGAATACTGGGCGCATGAAGCCTGCTTTATGCCGCGTAGCGACTTTCGTCTTATTCGCCACCGCATGCTGGCACCTGAAAAAATGGGCTGGAAATACAAAGACGCCTGGATGCAGGa > 1:1515241/1‑289 (MQ=255) gccgTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCAT‑CAATATTGTTGCCCGTAGTCCATATCTGGTGCTTTTCAGTCGTCTGGGAAATTATCCTGCCCAGTGGCTGGATGAGTCTCTGGCGCGT‑GGCGAATTAATGGAATACTGGGCGCATGAAGCCTGCTTTATGCCGCGTAGCGACTTTCGTCTTATTCGCCACCGCATGCTGGCACCTGAAAAAATGGGCTGGAAATACAAAGACGCCTGGATGCAGGAACa > 1:942099/1‑289 (MQ=255) cgTCGAGCGTCGTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCAT‑CAATATTGTTGCCCGTAGTCCATATCTGGTGCTTTTCAGTCGTCTGGGAAATTATCCTGCCCAGTGGCTGGATGAGTCTCTGGCGCGT‑GGCGAATTAATGGAATACTGGGCGCATGAAGCCTGCTTTATGCCGCGTAGCGACTTTCGTCTTATTCGCCACCGCATGCTGGCACCTGAAAAAATGGGCTGGAAATACAAAGACGCCTGGATGCAGGAACATg > 2:1158252/1‑289 (MQ=255) ||| CGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTAGTGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAATTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCA‑TGAATGAGCCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGAGCTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCAT‑CAATATTGTTGCCCGTAGTCCATATCTGGTGCTTTTCAGTCGTCTGGGAAATTATCCTGCCCAGTGGCTGGATGAGTCTCTGGCGCGT‑GGCGAATTAATGGAATACTGGGCGCATGAAGCCTGCTTTATGCCGCGTAGCGACTTTCGTCTTATTCGCCACCGCATGCTGGCACCTGAAAAAATGGGCTGGAAATACAAAGACGCCTGGATGCAGGAACATG > CP042583/832093‑832649 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |