| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 439,962 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 439,962 | 0 | A | T | 99.6% | 621.0 / NA | 261 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 439,963 | 0 | G | C | 99.6% | 623.1 / NA | 261 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (129/131); minor base A (0/1); total (129/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 439,964 | 0 | T | A | 99.6% | 619.1 / NA | 261 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (128/132); minor base C (1/0); total (129/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
ACCGTTATTTTAGAAAACGAAGCTCGCGTTGTAGATATCGCCGTTAAAGGCGGAAAAATTGCTGCTATCGGTCAGGATCTGGGCGATGCAAAAGAAGTTATGGATGCGTCTGGTCTGGTGGTTAGCCCGGGCATGGTTGATGCGCACACCCATATTTCTGAACCGGGTCGTAGCCACTGGGAAGGTTATGAAACCGGTACTCGCGCAGCGGCAAAAGGTGGTATCACCACCATGATCGAAATGCCGCTCAACCAGCTGCCTGCAACGGTTGACCGCGCTAGTATTGAACTGAAGTTCGATGCCGCTAAAGGCAAGCTGACTATTGATGCGGCACAA‑CTCGGTGGCCTGGTGTCTTACAACATCGACCGTCTGCATGAGCTGGATGAAGTGGGCGTTGTCGGCTTCAAATGCTTCGTTGCGACCTGTGGCGATCGCGGTATCGACAACGACTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTCAGCCGGTGCTGGTGCACTGCGAAAACGCGCTGATTTGTGACGAACTGGGC > CP042583/439683‑440243 ||| aCCTTTATTTTAGAAAACGAAGCTCGCGTTGTAGATATCGCCGTTAAAGGCGGAATAATTGCTGCTATCGGTCAGGATCTGGGCGATGCAAAAGAAGTTATGGATGCGTCTGGTCTGGTGGTTTCGCCGGGCATGGTTGATGCGCACACCCATATTTCTGAACCGGGTCGTAGCCACTGGGAAGGTTATGAAACCGGTACTCGCGCAGCGGCAAAAGGTGGTATCACCACCATGATCGAAATTCCGCTCAACCAGCTGCCTGCAACGGTTGACCGCGCTTCAATTGaa < 1:1982728/288‑1 (MQ=255) 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ACCGTTATTTTAGAAAACGAAGCTCGCGTTGTAGATATCGCCGTTAAAGGCGGAAAAATTGCTGCTATCGGTCAGGATCTGGGCGATGCAAAAGAAGTTATGGATGCGTCTGGTCTGGTGGTTAGCCCGGGCATGGTTGATGCGCACACCCATATTTCTGAACCGGGTCGTAGCCACTGGGAAGGTTATGAAACCGGTACTCGCGCAGCGGCAAAAGGTGGTATCACCACCATGATCGAAATGCCGCTCAACCAGCTGCCTGCAACGGTTGACCGCGCTAGTATTGAACTGAAGTTCGATGCCGCTAAAGGCAAGCTGACTATTGATGCGGCACAA‑CTCGGTGGCCTGGTGTCTTACAACATCGACCGTCTGCATGAGCTGGATGAAGTGGGCGTTGTCGGCTTCAAATGCTTCGTTGCGACCTGTGGCGATCGCGGTATCGACAACGACTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTCAGCCGGTGCTGGTGCACTGCGAAAACGCGCTGATTTGTGACGAACTGGGC > CP042583/439683‑440243 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |