Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 843,398 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 843,398 | 0 | A | T | 99.8% | 1141.8 / NA | 484 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (247/234); total (248/236) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.47e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 843,399 | 0 | G | C | 99.6% | 1134.7 / NA | 484 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (247/235); total (248/236) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 843,400 | 0 | C | G | 99.4% | 1130.2 / NA | 484 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (243/236); total (248/236) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.49e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 484 total aligned reads displayed.
ACGCCATGCTACTGGATGTGCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCAGCGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGAGC‑ACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATG‑AGCATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGAACACGTTCATGTCGTCGGCCTGCGAGGATTTGCGCCG > CP042583/843120‑843679 ||| gcCATGGCACTGGAAGTGCTCTCTGTAAAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTAGCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCG‑ACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATG‑TCGATTCTGGTGa < 2:779751/289‑1 (MQ=255) aTGCTACTGGATGTGCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCG‑ACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATG‑TCGATTCTGGTGAtgg < 1:414382/289‑1 (MQ=255) aTGCTACTGGATGTGCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCG‑ACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATG‑TCGATTCTGGTGAtgg < 1:1297104/289‑1 (MQ=255) aTGCTACTGGATGTGCTCGCCGAACAGCACGAGCAGAATCAGGATCTGTTTAGCAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGAAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGCGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGGCTGGTGCATTGTCG‑ACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATG‑TCGATTCTGGTGAtgg < 1:1549326/289‑1 (MQ=255) aCTGGATGTGCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCG‑ACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATG‑TCGATTCTGGTGATGGTGGTa < 1:1425010/289‑1 (MQ=255) gATGTGCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCG‑ACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATG‑TCGATTCTGGTGATGGTGGTCCaaa > 1:1101115/1‑289 (MQ=255) tgtgCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCG‑ACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATG‑TCGATTCTGGTGATGGTGGTACaaa > 1:1808/1‑287 (MQ=255) 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tctctGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCG‑ACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATG‑TCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGa > 2:897269/1‑289 (MQ=255) ctctGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCACCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCG‑ACCGGTGAGTCGATTGGTACCGGTATT‑TCGATTCTGGTGATGGGGGTCCAAAGCTGGGaa > 2:1436598/1‑289 (MQ=255) ctGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCG‑ACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATG‑TCGATTCTGGTGATGGTGGTACCAAGTGTGGAAGa > 2:684159/1‑289 (MQ=255) 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tCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCG‑ACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATG‑TCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTaaa < 2:1102393/289‑1 (MQ=255) tGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGCAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCG‑ACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTAGG‑TCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGa > 1:1598183/1‑289 (MQ=255) tGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCG‑ACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATG‑TCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGa > 2:835465/1‑289 (MQ=255) tGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCG‑ACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATG‑TCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGa > 1:1995738/1‑289 (MQ=255) tGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGACAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCG‑ACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATG‑TCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGa > 1:234162/1‑289 (MQ=255) tttAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCG‑ACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATG‑TCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGata > 1:502172/1‑289 (MQ=255) 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aCCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATG‑TCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGAACACGTTCATGtcgtcg > 1:1728002/1‑289 (MQ=255) ccGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATG‑TCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGAACACGTTCATGtcgtcg < 2:1904860/288‑1 (MQ=255) ggTGAGGCGATTGGTACCGGTATG‑TCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGcacc > 2:815231/1‑231 (MQ=255) gTGAGGCGATTGGTACCGGTATG‑TCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAG‑AAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGAACACGCTCATGTCGTCGGCCt > 1:965187/1‑288 (MQ=255) aGGCGATTGGTACCGGTATG‑TCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGAACACGTTCATGTCGGTGGACTGCg > 2:1817693/1‑289 (MQ=255) tGGTACCGGTATG‑TCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATCCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAGGCCACCACCTAGAAACCGGTGCGGACAGTCTTCCAGAATACCGAACACGCTCATGTCGTACTCCTGCGAggtgtt > 2:1252865/1‑285 (MQ=255) ggTAACGGTATG‑TCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGAACACGTTCATGTCGTCGGCCTGCGAGGATTTg < 2:450019/289‑1 (MQ=255) cGGTATG‑TCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGAACACGTTCATGTCGTCGGCCTGCGAGGATTTGcgccg < 1:345510/289‑1 (MQ=255) ||| ACGCCATGCTACTGGATGTGCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCAGCGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGAGC‑ACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATG‑AGCATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGAACACGTTCATGTCGTCGGCCTGCGAGGATTTGCGCCG > CP042583/843120‑843679 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |