Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 845,185 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 845,185 | 0 | A | T | 99.6% | 1186.6 / NA | 510 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 845,186 | 0 | G | C | 99.6% | 1178.5 / NA | 510 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (259/248); total (261/249) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 845,187 | 0 | C | G | 99.0% | 1175.3 / NA | 510 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/1); major base G (256/245); minor base T (2/3); total (261/249) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.80e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 510 total aligned reads displayed.
TCTCGTAGTAAACCTGCGCCTGCCGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATAGCCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATAGCCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTAACAACGTAGTGGTAAACCCGCCGTGGAACGTACCTCCAACTCTGGCACGCAAAGATATTCTGCCAAAAGTGCGCAACGATCCGGGATATCTCGAAAGCCATGGCTATACGGTGATGCGCGGCTGGAACAGCAGAGAAGCGATTGACCCATGGCAGGTTGACTGGTCTACAATCACGGCCAGCAATTTACCGTTCCGCTTCCAGCAGGCTCCAGGCCCACGGAA > CP042583/844906‑845465 ||| ccGTAGTAAACCTGCGCCTGCCGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCAtt < 1:1000496/288‑1 (MQ=255) aCCTGCGCCTGCCGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTgtcggtcg > 2:956473/1‑288 (MQ=255) gcgcCTGCCGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGACCGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGATTCATTGTCGGTCGccct > 2:1698883/1‑287 (MQ=255) cgcCTGCCGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGa > 2:412641/1‑289 (MQ=255) 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cgccTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCGCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCAGGGTGAACATTCCGGCCTATTCGCTGGGCTACTATCAGAACGGAAAGCAGGTGCTGGATGCGGGAGGCATTTGCGGGCGCGCCGATCGCAAAAcgacgagg > 1:1911508/1‑287 (MQ=255) aCGATCATGAACTGGTGGAAGCCGTTAACAGGTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAg < 2:876168/289‑1 (MQ=255) tGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGcc < 1:1878456/289‑1 (MQ=255) tGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGc > 2:1805345/1‑288 (MQ=255) tGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGc > 2:1554786/1‑288 (MQ=255) tGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGc > 1:58513/1‑288 (MQ=255) 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gtggAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCg > 1:333105/1‑267 (MQ=255) gtggAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTaaca > 1:1019774/1‑289 (MQ=255) gtggAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTaac < 1:1606081/288‑1 (MQ=255) acgacGTTAAACGTTTTCAGGGATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTAACAACg < 2:1396067/284‑1 (MQ=255) aGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTAACAACGt < 2:1872512/288‑1 (MQ=255) aGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTAACAACGTa > 1:365257/1‑289 (MQ=255) aGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTAACAACGTa > 2:1538543/1‑289 (MQ=255) aGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTCCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCgatg < 1:681555/265‑1 (MQ=255) ttAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCgatg < 2:435001/260‑1 (MQ=255) aaaCGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTAACAACGTAGTGGTaa < 1:1439106/289‑1 (MQ=255) tgtttCAGGCATGGCAAGGAGTGGGGACAGATGGGGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTAACAACGTAGTGGTAAAccc < 1:42735/287‑1 (MQ=255) tttCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCCCCCCGACTGCAAAACGCCGATGCTGGGCAGGTCCCTTAACAACGTAGCGGTAAACccg > 2:897967/1‑288 (MQ=255) 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TCTCGTAGTAAACCTGCGCCTGCCGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATAGCCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATAGCCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTAACAACGTAGTGGTAAACCCGCCGTGGAACGTACCTCCAACTCTGGCACGCAAAGATATTCTGCCAAAAGTGCGCAACGATCCGGGATATCTCGAAAGCCATGGCTATACGGTGATGCGCGGCTGGAACAGCAGAGAAGCGATTGACCCATGGCAGGTTGACTGGTCTACAATCACGGCCAGCAATTTACCGTTCCGCTTCCAGCAGGCTCCAGGCCCACGGAA > CP042583/844906‑845465 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |