| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 845,815 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 845,815 | 0 | A | T | 99.6% | 1068.1 / NA | 454 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base T (249/200); total (253/201) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 845,816 | 0 | G | C | 99.6% | 1068.0 / NA | 454 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (251/200); minor base A (1/1); total (253/201) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 845,817 | 0 | C | G | 99.8% | 1067.9 / NA | 454 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (252/201); total (253/201) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 454 total aligned reads displayed.
AATCTGTTCAAGCGTGATACACGCGCATTGAGCAGTGGCTGTGTACGAGTGAATAAAGCTTCCGATCTGGCGAATATGCTGTTGCAGGATGCAGGCTGGAATGACAAACGTATTTCTGATGCGCTGAAGCAGGGTGATACACGTTACGTCAATATTCGGCAGAGCATTCCGGTGAATCTCTACTACCTGACGGCCTTTGTTGGTGCAGATGGTCGTACCCAGTATCGTACAGATATTTACAATTATGATCTGCCTGCGCGATCCAGCAGCCAAATCGTAAGCAAAGCGGAACAATTAATCAGGTAAATGAAGTAGTTCGGGGAAATCAGTTGTCGTAATAATTAGCATGATTGGGGGCGATTCTCTGCAGCCCCCGTCACTGCTGGGGTTGAGTCATCTTGACGTCTGCTTTACGGGCGGTTAAGGTGCCTCTTGTGCGCCAGAAGTGCATATAAACGATAACATTGACCTGTAGACTTGATTATCATGGACAAATTCGACGCTAATCGCCGCAAATTGCTGGCGCTTGGTGGCGTTGCACTCGGTGCCGCCATCCTGCCG > CP042583/845536‑846096 ||| aaTCTGTTCAAGCGTGATACACGCGCATTGAGCTCAGGCTGTGTACGAGTGAATAAAGCTTCCGATCTGGCGAATATGCTGTTGCAGGATGCAGGCTGGAATGACAAACGTATTTCTGATGCGCTGAAGCAGGGTGATACACGTTACGTCAATATTCGGCAGTCGATTCCGGTGAATCTCTACTACCTGACGGCCTTTGTTGGTGCAGATGGTCGTACCCAGTATCGTACAGATATTTACAATTATGATCTGCCTGCGCGATCCAGCTCGCAAATCGTATCGAAAGCgg < 1:1910652/289‑1 (MQ=255) aTACACGCGCATTGAGCTCAGGCTGTGTACGAGTGAATAAAGCTTCCGATCTGGCGAATATGCTGTTGCAGGATGCAGGCTGGAATGACAAACGTATTTCTGATGCGCTGAAGCAGGGTGATACACGTTACGTCAATATTCGGCAGTCGATTCCGGTGAATCTCTACTACCTGACGGCCTTTGTTGGTGCAGATGGTCGTACCCAGTATCGTACAGATATTTACAATTATGATCTGCCTGCGCGATCCAGCTCGCAAATCGTATCGAAAGCGGAACAATTAATCAGGTa > 1:726595/1‑289 (MQ=255) aTACACGCGCATTGAGCTCAGGCTGTGTACGAGTGAATAAAGCTTCCGATCTGGCGAATATGCTGTTGCAGGATGCAGGCTGGAATGACAAACGTATTTCTGATGCGCTGAAGCAGGGTGATACACGTTACGTCAATATTCGGCAGTCGATTCCGGTGAATCTCTACTACCTGACGGCCTTTGTTGGTGCAGATGGTCGTACCCAGTATCGTACAGATATTTACAATTATGATCTGCCTGCGCGATCCAGCTCGCAAATCGTATCGAAAGCGGAACAATTAATCAGGTa > 1:574792/1‑289 (MQ=255) gcgcATTGAGCTCAGGCTGTGTACGAGTGAATAAAGCTTCCGATCTGGCGAATATGCTGTTGCAGGATGCAGGCTGGAATGACAAACGTATTTCTGATGCGCTGAAGCAGGGTGATACACGTTACGTCAATATTCGGCAGTCGATTCCGGTGAATCTCTACTACCTGACGGCCTTTGTTGGTGCAGATGGTCGTACCCAGTATCGTACAGATATTTACAATTATGATCTGCCTGCGCGATCCAGCTCGCAAATCGTATCGAAAGCGGAACAATTAATCAGGTAAATGaa > 1:1135874/1‑289 (MQ=255) cATTGAGCTCAGGCTGTGTACGAGTGAATAAAGCTTCCGATCTGGCGAATATGCTGTTGCAGGATGCAGGCTGGAATGACAAACGTATTTCTGATGCGCTGAAGCAGGGTGATACACGTTACGTCAATATTCGGCAGTCGATTCCGGTGAATCTCTACTACCTGACGGCCTTTGTTGGTGCAGATGGTCGTACCCAGTATCGTACAGATATTTACAATTATGATCTGCCTGCGCGATCCAGCTCGCAAATCGTATCGAAAGCGGAACAATTAATCAGGTAAATGAagta > 1:283409/1‑289 (MQ=255) ttgagctcaggCTGTGTACGAGTGAATAAAGCTTCCGATCTGGCGAATATGCTGTTGCAGGATGCAGGCTGGAATGACAAACGTATTTCTGATGCGCTGAAGCAGGGTGATACACGTTACGTCAATATTCGGCAGTCGATTCCGGTGAATCTCTACTACCTGACGGCCTTTGTTGGTGCAGATGGTCGTACCCAGTATCGTACAGATATTTACAATTATGATCTGCCTGCGCGATCCAGCTCGCAAATCGTATCGAAAGCGGAACAATTAATCAGGTAAATGAagtagt > 1:183825/10‑289 (MQ=255) tgtACGAGTGAATAAAGCTTCCGATCTGGCGAATATGCTGTTGCAGGATGCAGGCTGGAATGACAAACGTATTTCTGATGCGCTGAAGCAGGGTGATACACGTTACGTCAATATTCGGCAGTCGATTCCGGTGAATCTCTACTACCTGACGGCCTTTGTTGGTGCAGATGGTCGTACCCAGTATCGTACAGATATTTACAATTATGATCTGCCTGCGCGATCCAGCTCGCAAATCGTATCGAAAGCGGAACAATTAATCAGGTAAATGAAGTAGTTCGGGGAAATCAGt > 1:503767/1‑289 (MQ=255) aaTAAAGCTTCCGATCTGGCGAATATGCTGTTGCAGGATGCAGGCTGGAATGACAAACGTATTTCTGATGCGCTGAAGCAGGGTGATACACGTTACGTCAATATTCGGCAGTCGATTCCGGTGAATCTCTACTACCTGACGGCCTTTGTTGGTGCAGATGGTCGTACCCAGTATCGTACAGATATTTACAATTATGATCTGCCTGCGCGATCCAGCTCGCAAATCGTATCGAAAGCGGAACAATTAGTCAGGTAAATGaa < 2:825394/260‑1 (MQ=255) aaTAAAGCTTCCGATCTGGCGAATATGCTGTTGCAGGATGCAGGCTGGAATGACAAACGTATTTCTGATGCGCTGAAGCAGGGTGATACACGTTACGTCAATATTCGGCAGTCGATTCCGGTGAATCTCTACTACCTGACGGCCTTTGTTGGTGCAGATGGTCGTACCCAGTATCGTACAGATATTTACAATTATGATCTGCCTGCGCGATCCAGCTCGCAAATCGTATCGAAAGCGGAACAATTAAt > 1:406854/1‑248 (MQ=255) aaTAAAGCTTCCGATCTGGCGAATATGCTGTTGCAGGATGCAGGCTGGAATGACAAACGTATTTCTGATGCGCTGAAGCAGGGTGATACACGTTACGTCAATATTCGGCAGTCGATTCCGGTGAATCTCTACTACCTGACGGCCTTTGTTGGTGCAGATGGTCGTACCCAGTATCGTACAGATATTTACAATTATGATCTGCCTGCGCGATCCAGCTCGCAAATCGTATCGAAAGCGGAACAATTAATCAGGTAAATGAAGTAGTTCGGGGAAATCAGTTGTCGtaata > 1:614486/1‑289 (MQ=255) 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ccGATCTGGCGAATATGCTGTTGCAGGATGCAGGCTGGAATGACAAACGTATTTCTGATGCGCTGAAGCAGGGTGATACACGTTACGTCAATATTCGGCAGTCGATTCCGGTGAATCTCTACTACCTGACGGCCTTTGTTGGTGCAGATGGTCGTACCCAGTATCGTACAGATATTTACAATTATGCTCTGCCTGCGCGATCCAGCTCGCAAATCGGATCGAAAGCCGAACAATTAATCAGGTAAATGAAGTAGTCCGGGGAAAACATGTGTCGTACTAATTAGCAtca > 2:1615491/1‑287 (MQ=255) gATCTGGCGAATATGCTGTTGCAGGATGCAGGCTGGAATGACAAACGTATTTCTGATGCGCTGAAGCAGGGTGATACACGTTACGTCAATATTCGGCAGTCGATTCCGGTGAATCTCTACTACCTGACGGCCTTTGTTGGTGCAGATGGTCGTACCCAGTATCGTACAGATATTTACAATTATGATCTGCCTGCGCGATCCAGCTCGCAAATCGTATCGAAAGCGGAACAATTAATCAGGTAAATGAAGTAGTTCGGGGAAATCAGTTGTCGTAATAATTAGCATGAtt < 1:888932/289‑1 (MQ=255) gCTGTTGCAGGATGCAGGCTGGAATGACAAACGTATTTCTGATGCGCTGAAGCAGGGTGATACACGTTACGTCAATATTCGGCAGTCGATTCCGGTGAATCTCTACTACCTGACGGCCTTTGTTGGTGCAGATGGTCGTACCCAGTATCGTACAGATATTTACAATTATGATCTGCCTGCGCGATCCAGCTCGCAAATCGTATCGAAAGCGGAACAATTAATCAGGTAAATGAAGTAGTTCGGGGAAATCAGt < 1:1172217/253‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |