| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 848,880 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 848,881 | 0 | C | G | 99.5% | 914.4 / ‑2.4 | 388 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (189/197); minor base T (1/1); total (190/198) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.11e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 848,882 | 0 | T | A | 100.0% | 929.2 / NA | 388 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (190/198); total (190/198) | |||||||||||
Only 100 of 388 total aligned reads displayed.
ATCGGCCAGGCCCAGAATCGGGTCGGCAGGAGCGGCGGTAATGTTCTCAAACATGACGAGGTTCCATTATGGTTACAGAAGGGAAGTCCGCTATCAGGGTAACGGGAGATTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTATAAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAG‑CAACGGTGTCGTCACTACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTTGCGCCCACTTCAAAGTAGTTCACCAGATCAACATCACCGATACCTTCTACGTCTTTCGCTTTAGATTTGGTGTAAGCGATGGACGGACGCAGACCGAAATCGAACTGGTATTGCGCAACTAACAGAACGTCTTGCGTTTTGTTGGCGAAGCCGCTGGTGTTTGTAAATTTATTAGTGATCGGCGTAGCGTT > CP042583/848603‑849158 ||| aTCGGCCAGGCCCAGAATCGGGTCGGCAGGAGCGGCGGTAATGTTCTCAAACATGACGAGGTTCCATTATGGTTACAGAAGGGAAGTCCGCTATCAGGGTAACGGGAGATTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTATAAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAG‑CAACGGTGTCGTCTGAACCTACGc > 1:273162/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |