| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 861,500 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 861,500 | 0 | A | T | 99.7% | 736.8 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 861,501 | 0 | G | C | 100.0% | 731.7 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (170/140); total (170/140) | |||||||||||
| * | CP042583 | 861,502 | 0 | T | A | 100.0% | 741.1 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (170/140); total (170/140) | |||||||||||
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
ACACAGAAACCGGGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGATCAGACGTTGACTTTTAAAGTTGATTATATCGCTACGGGGAAAGCGACTAGTGGTAATGTGAATGCGGTAACAAATTTCCATATTAACTATTATTAATAGAACTCATTAATTGTTTTATTAATTAGTACCCCTCCAGTGTTCTGGAGGGGATATTCATATTTTTTAAGAGTGACTATTTATGAAAACTTGCATAACAAAGGGAATTGTGACCGTAAGTTTAACGGCAATATTACTCAGCTGCAGTTCCGCATGGGCGGCAGGTAAAGGCGGGATTGGACTTGCAGCAACACGTCTTGTTTATAGTGAAGGTGAAGAGCAAATTAGTCTGGGTGTACGTAACACCAGTCCGGATGTTCCTTATCTTATTCAGAGTTGGGTGATGACCCCAGATAATAAAAAAAGTGCAGACTTTATTATTACACCACCGCTATTTGTGCTGAATCCGGCAAATGAGAATCTGTTACGCATTATGTACATTGGAGCGCCGTTGGCGAAAGACAGAGAAACCCTTTTCTTCACTAGC > CP042583/861221‑861781 ||| aaCCGGGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGATCAGACGTTGACTTTTAAAGTTGATTATATCGCTACGGGGAAAGCGACTTCAGGTAATGTGAATGCGGTAACAAATTTCCATATTAACTATTATTAATAGAACTCATTAATTGTTTTATTAATTAGTACCCCTCCAGTGTTCTGGAGGGGATATTCATATTTTTTAAGAGTGACTATTTATGAAAACTTGCATAACAAAGGGAATTGTGACCGTAAGTTTAACGGCAATATTACTCAGCTGCTCATCCGCATGggcg < 1:1485896/287‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |