| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 863,435 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 863,435 | 0 | A | T | 100.0% | 1148.3 / NA | 480 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (247/233); total (247/233) | |||||||||||
| * | CP042583 | 863,436 | 0 | G | C | 99.8% | 1134.0 / ‑4.8 | 480 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (247/232); minor base T (0/1); total (247/233) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.61e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 863,437 | 0 | C | G | 99.8% | 1148.2 / NA | 480 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (246/233); minor base T (1/0); total (247/233) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 480 total aligned reads displayed.
TTAGTTGAAATCAAAGAAGCGGACGGCAGCGTCAATAGCTACAGCGTACCGTTCTCCAGTGTGCCATTACTCCAGCGTCAGGGGCGAATCAAATACGCGGTGACACTGGCGAAATACAGAACCAATAGTAATGAACAGCAGGAGAGCAAATTTGCCCAGGCCACGTTGCAGTGGGGCGGACCGTGGGGAACGACCTGGTATGGTGGTGGACAATATGCTGAATATTACCGTGCCGCCATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTAGCTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGAGTTATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATAGCACGAGCGGTTTCTACACCCTTTCCGACACCATGTATAAACATATGGATGGCTACGAATTTAATGACGGTGATGATGAAGATACGCCGATGTGGAGCCGTTATTACAATTTGTTTTACACCAAACGTGGCAAACTGCAGGTCAATAT > CP042583/863156‑863715 ||| agaagCGGACGGCAGCGTCAATAGCTACAGCGTACCGTTCTCCAGTGTGCCATTACTCCAGCGTCAGGGGCGAATCAAATACGCGGTGACACTGGCGAAATACAGAACCAATAGTAATGAACAGCAGGAGAGCAAATTTGCCCAGGCCACGTTGCAGTGGGGCGGACCGTGGGGAACGACCTGGTATGGTGGTGGACAATATGCTGAATATTACCGTGCCGCCATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTAGGCGATTTCGGGGCAATTTCGTTCGATGCGACCCAGGCGaaa > 2:1664259/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |