Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 865,624 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 865,624 | 0 | A | T | 99.3% | 1060.4 / NA | 449 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 865,625 | 0 | G | C | 99.1% | 1037.9 / NA | 449 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (207/235); minor base A (2/2); total (211/238) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 865,626 | 0 | T | A | 98.7% | 1045.6 / NA | 449 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); major base A (207/234); minor base C (3/3); total (211/238) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 449 total aligned reads displayed.
TCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATAGTCTTGGCAGTTGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTCCGTGTTGTAGGGCATAAACCTCTTGGGGCCAGAACGGCAGAACTTGCAATTCCAGTCAGGTGTAACACGGGAAACGCGGGATTAGTTAATGTCAACCTGAGTCTGACGGCAACCACAGACCCCAGCTATCCCCAGGCGATTAAGACGAGTCGTCCTGGCGTGGGCGTGGTGGTGACCGATAGCCAGAACAACATTATTTCCCCTGCTGGTGGAACATTACCGCTCTCTATTCCTGATGATGCAGACAGTATCGCGCGAATGAATGTCTATCCAGTCAGCACGACAGGTGTACCACCAGAAACCGGGCGATTTGAAGCCACGGCAACGGTGAGAATAAATTTTGATTAACGCGTGAACGTATGAAGAAAAAAACGATATTTCAGTGCGTTATCTTGTTCTTTAGCATTCTTAACATCCATGTCGGGATG > CP042583/865345‑865904 ||| gCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTCCGTGTTGTAGGGCATAAACCTCTTGGGGCCAGAACGGCAGAACTTGCAATTCCAGTCAGGTGTAACACGGGAAACGCGGGATTAGTTAATGTCAACCTGAGTCTGACGGCAACCACAGACCCCAGCTATCCCCAGGCGATTAAGACGTCACGTCCTggcgt < 1:993233/289‑1 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |