Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 868,992 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 868,992 | 0 | A | T | 99.7% | 798.9 / NA | 338 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 868,993 | 0 | G | C | 99.7% | 793.7 / NA | 338 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (203/134); minor base A (1/0); total (204/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 868,994 | 0 | T | A | 99.7% | 804.0 / NA | 338 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (203/134); minor base C (1/0); total (204/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 338 total aligned reads displayed.
ACCCATATCTAATTATTTCTTCGAATTCCTCTTTATAAGATAATCAGGGCTTTATTTTCAGCCCTGGTTGTTTTATATTCATCGCTGTTGCTTATTTAGACATTTTGTACTTTTATTGTTGAGGTTATTAAGCGAAGCGACAATGGATTGTGTTGCTGCGGTTTTATAGGGTAGGGGAGAGGCAGATGCGAATTAAACCAGACGATAACTGGCGTTGGTATTACGATGAAGAGCACGATCGAATGATGCTCGATTTAGCCAATGGTATGCTATTTCGCAGTCGTTTTGCGCGCAAGATGTTGACTCCAGATGCCTTTTCTCCCGCAGGCTTTTGCGTTGACGACGCCGCGCTCTATTTCTCTTTTGAAGAAAAGTGCCGCGATTTTAATTTATCTAAAGAACAAAAAGCCGAACTGGTGCTGAATGCACTGGTAGCAATTCGCTATCTCAAACCGCAAATGCCGAAAAGCTGGCATTTTGTTTCCCATGGTGAAATGTGGGTGCCCATGCCGGGCGATGCGGCCTGCGTTTGGTTGAGCGATACTCACGAGCAGGTC > CP042583/868714‑869270 ||| aCCCATATCTAATTATTTCTTCGAATTCCTCTTTATAAGATAATCAGGGCTTTATTTTCAGCCCTGGTTGTTTTATATTCATCGCTGTTGCTTATTTAGACATTTTGTACTTTTATTGTTGAGGTTATTAAGCGAAGCGACAATGGATTGTGTTGCTGCGGTTTTATAGGGTAGGGGAGAGGCAGATGCGAATTAAACCAGACGATAACTGGCGTTGGTATTACGATGAAGAGCACGATCGAATGATGCTCGATTTAGCCAATGGTATGCTATTTCGATCACGTTTTgc > 1:1688194/1‑289 (MQ=255) 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gCTATTTCGCTCACGTTTTGCGCGCAAGATGTTGACTCCAGATGCCTTTTCTCCCGCAGGCTTTTGCGTTGACGACGCCGCGCTCTATTTCTCTTTTGAAGAAAAGTGCCGCGATTTTAATTTATCTAAAGAACAAAAAGCCGAACTGGTGCTGAATGCACTGGTAGCAATTCGCTATCTCAAACCGCAAATGCCGAAAAGCTGGCATTTTGTTTCCCATGTTGAAATGTGGGTGCCCATGCCGGGCGATGCGGCCTGCGTTTGGTTGAGCGATACTCACGAGCAGGTc > 2:1571459/1‑289 (MQ=255) ||| ACCCATATCTAATTATTTCTTCGAATTCCTCTTTATAAGATAATCAGGGCTTTATTTTCAGCCCTGGTTGTTTTATATTCATCGCTGTTGCTTATTTAGACATTTTGTACTTTTATTGTTGAGGTTATTAAGCGAAGCGACAATGGATTGTGTTGCTGCGGTTTTATAGGGTAGGGGAGAGGCAGATGCGAATTAAACCAGACGATAACTGGCGTTGGTATTACGATGAAGAGCACGATCGAATGATGCTCGATTTAGCCAATGGTATGCTATTTCGCAGTCGTTTTGCGCGCAAGATGTTGACTCCAGATGCCTTTTCTCCCGCAGGCTTTTGCGTTGACGACGCCGCGCTCTATTTCTCTTTTGAAGAAAAGTGCCGCGATTTTAATTTATCTAAAGAACAAAAAGCCGAACTGGTGCTGAATGCACTGGTAGCAATTCGCTATCTCAAACCGCAAATGCCGAAAAGCTGGCATTTTGTTTCCCATGGTGAAATGTGGGTGCCCATGCCGGGCGATGCGGCCTGCGTTTGGTTGAGCGATACTCACGAGCAGGTC > CP042583/868714‑869270 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |