| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 874,987 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 874,987 | 0 | A | T | 99.7% | 748.9 / NA | 319 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (151/166); total (151/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 874,988 | 0 | G | C | 99.1% | 737.1 / NA | 319 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (150/165); total (151/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 874,989 | 0 | C | G | 100.0% | 751.0 / NA | 319 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (151/168); total (151/168) | |||||||||||
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
GCCGCATGAGCAGACGCAAAAAGTGCTTGCTGATATGGCTGCTGCAGAGCAGGAGCTGGAGCAAGCCTTTGAACGCTGGGAGTATCTTGAAGCGTTAAAAAATGGTGGCTGATCGCAAAATAGTCGATTTAAACAGAGACAGCTGACAACGGTAAAATTGCCTGATGAACTGGGTTTATCAGGCATGAAAACCAACACTTTGTTAGTCATCTGTAAAATAGCGCATCATTAAGGAGTACCAATGTGCGAACATCATCATGCCGCGAAGCACATCCTGTGCAGCCAGTGTGACATGCTGGTGGCGTTACCGCGCCTTGAGCATGGTCAGAAAGCGGCATGTCCCCGGTGTGGCACAACGTTAACCGTGGCGTGGGATGCCCCTCGGCAGCGTCCCACCGCCTATGCGTTGGCTGCACTGTTCATGCTGTTGCTGTCCAACTTGTTTCCTTTTGTGAATATGAACGTTGCAGGAGTTACCAGTGAAATTACATTACTGGAAATTCCCGGCGTGCTTTTTTCTGAGGACTACGCCAGCCTCGGCACCTTTTTCCTGTTGTTTG > CP042583/874707‑875266 ||| gCCGCATGAGCAGACGCAAAAAGTGCTTGCTGATATGGCTGCTGCAGAGCAGGAGCTGGAGCAAGCCTTTGAACGCTGGGAGTATCTTGAAGCGTTAAAAAATGGTGGCTGATCGCAAAATAGTCGATTTAAACAGAGACAGCTGACAACGGTAAAATTGCCTGATGAACTGGGTTTATCAGGCATGAAAACCAACACTTTGTTAGTCATCTGTAAAATAGCGCATCATTAAGGAGTACCAATGTGCGAACATCATCATGCCGCGAAGCACATCCTGTGCTCGCAgtgt > 1:1164077/1‑289 (MQ=255) 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aGGAGCTGGAGCAAGCCTTTGAACGCTGGGAGTATCTTGAAGCGTTAAAAAATGGTGGCTGATCGCAAAATAGTCGATTTAAACAGAGACAGCTGACAACGGTAAAATTGCCTGATGAACTGGGTTTATCAGGCATGAAAACCAACACTTTGTTAGTCATCTGTAAAATAGCGCATCATTAAGGAGTACCAATGTGCGAACATCATCATGCCGCGAAGCACATCCTGTGCTCGCAGTGTGACATGCTGGTGGCGTTACCGCGCCTTGAGCATGGTCAGAAAGCGGCa < 1:1764191/287‑1 (MQ=255) gAGCTGGAGCAAGCCTTTGAACGCTGGGAGTATCTTGAAGCGTTAAAAAATGGTGGCTGATCGCAAAATAGTCGATTTAAACAGAGACAGCTGACAACGGTAAAATTGCCTGATGAACTGGGTTTATCAGGCATGAAAACCAACACTTTGTTAGTCATCTGTAAAATAGCGCATCATTAAGGAGTACCAATGTGCGAACATCATCATGCCGCGAAGCACATCCTGTGCTCGCAGTGTGACATGCTGGTGGCGTTACCGCGCCTTGAGCATGGTCAGAAAGCGGCATGt > 1:1477356/1‑288 (MQ=255) cTGGGGCATGCCTTTGAACGCTGGGAGTATCTTGAAGCGTTAAAAAATGTTGGCTGATCGCAAAATAGTCGATTTAAACAGAGACAGCTGACAACGGTAAAATTGCCTGATGAACTGGGTTTATCAGGCATGAAAACCAACACTTTGTTAGTCATCTGTAAAATAGCGCATCATTAAGGAGTACCAATGTGCGAACATCATCATGCCGCGAAGCACATCCTGTGCTCGCAGTGTGACATGCTGGTGGCGTTACCGCGCCTTGAGCATGGTCAGAAAGCGGCATGTccc < 2:871775/288‑1 (MQ=255) 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GCCGCATGAGCAGACGCAAAAAGTGCTTGCTGATATGGCTGCTGCAGAGCAGGAGCTGGAGCAAGCCTTTGAACGCTGGGAGTATCTTGAAGCGTTAAAAAATGGTGGCTGATCGCAAAATAGTCGATTTAAACAGAGACAGCTGACAACGGTAAAATTGCCTGATGAACTGGGTTTATCAGGCATGAAAACCAACACTTTGTTAGTCATCTGTAAAATAGCGCATCATTAAGGAGTACCAATGTGCGAACATCATCATGCCGCGAAGCACATCCTGTGCAGCCAGTGTGACATGCTGGTGGCGTTACCGCGCCTTGAGCATGGTCAGAAAGCGGCATGTCCCCGGTGTGGCACAACGTTAACCGTGGCGTGGGATGCCCCTCGGCAGCGTCCCACCGCCTATGCGTTGGCTGCACTGTTCATGCTGTTGCTGTCCAACTTGTTTCCTTTTGTGAATATGAACGTTGCAGGAGTTACCAGTGAAATTACATTACTGGAAATTCCCGGCGTGCTTTTTTCTGAGGACTACGCCAGCCTCGGCACCTTTTTCCTGTTGTTTG > CP042583/874707‑875266 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |