| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 877,316 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 877,316 | 0 | A | T | 99.6% | 1188.0 / NA | 504 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base T (255/247); total (257/247) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 877,317 | 0 | G | C | 99.4% | 1172.3 / NA | 504 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); major base C (254/243); minor base T (2/1); total (257/247) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 877,318 | 0 | C | G | 99.8% | 1184.2 / NA | 504 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (257/246); minor base A (0/1); total (257/247) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 504 total aligned reads displayed.
TTCAGGATAGCTTGTACACCGATCACATTGATTATCTGATGTTCTTTAAAGATAGCGTACGCGGTCTGCAACCGGGAGCTCCGGTAGAGTTCCGGGGTATTCGCCTGGGTACCGTAAGCAAAGTGCCATTCTTTGCGCCGAATATGCGTCAGACATTTAACGATGATTACCGTATTCCGGTACTGATTCGTATCGAGCCAGAGCGGCTGAAAATGCAGCTTGGCGAAAATGCGGATGTTGTTGAGCACCTTGGCGAATTGTTGAAACGTGGTTTACGCGGAAGCCTGAAAACCGGAAACCTGGTCACTGGTGCACTGTATGTTGATCTCGATTTCTATCCAAATACGCCTGCAATAACCGGTATTCGTGAATTTAATGGTTATCAGATTATCCCGACCGTTAGCGGCGGCCTGGCGCAAATCCAGCAACGACTGATGGAAGCGTTGGATAAGATCAACAAACTGCCATTGAATCCGATGATTGAACAGGCAACCAGTACGCTTTCTGAAAGTCAGCGCACAATGAAAAACCTGCAAACGACGCTGGATAGCATGAACAAGAT > CP042583/877035‑877596 ||| ttCAGGATTCGTTGTACACCGATCACATTGATTATCTGATGTTCTTTAAAGATTCGGTACGCGGTCTGCAACCGGGAGCTCCGGTAGACTTCCGGGCTATTCGCCTGGGTACCGTAAGCATAGTGCCATTCTTTGCGCCGAATATGCGTCAGACATTTAACGATGATTACCGTATGCCGGTACTGCTGCGTATCGGGCAAGAGCGGCCGAACCTGCAGCTTGTCGTACATGCGGTTGTTGTTGAGCACCGGGGCGTAGTGTTGAAAGGTGATCTACGGGCAATGCTGaa > 2:232011/1‑289 (MQ=255) ttgttACACCGATCACATTGATTATCTGCTGTTCTTCACAGATTCGGTACGCGGTCTGCAACCGGGAGCTCCGGTAGAGATCCGTGGTATTCGCCTGGGTACCGTAAGCAAAGTGCCATTCTTTGCGCCGAATATGCGTCAGACATTTAACGATGATTACCGTATTCCGGTACTGATTCGTATCGAGCCAGAGCGGCTGAAAATGCAGCTTGGCGAAAATGCGGATGTTGTTGAGCACCTTGGCGAATTGTTGAAACGTGGTTTACGCGGATCGCTGAAAACCGGAAAc < 2:1577398/285‑1 (MQ=255) acacCGATCACATTGATTATCTGATGTTCTTTAAAGATTCGGTACGCGGTCTGCAACCGGGAGCTCCGGTAGAGTTCCGGGGTATTCGCCTGGGTACCGTAAGCAAAGTGCCATTCTTTGCGCCGAATATGCGTCAGACATTTAACGATGATTACCGTATTCCGGTACTGATTCGTATCGAGCCAGAGCGGCTGAAAATGCAGCTTGGCGAAAATGCGGATGTTGTTGAGCACCTTGGCGAATTGTTGAACCGTGGTTTACGCGGATCGATGAAAACCGGCACCCTgg > 2:1897953/1‑288 (MQ=255) acacCGATCACATTGATTAACTGATGTTTTTTAAAGATTCGGTACGCGGTCTGCAAACGGGAGCTCCGGTAGAGTTCCGGGGTATTCGCCTGGGTACCGTAAGCAAAGTGCCATTCTTTGCGCCGAATATGCGTCAGACATTTAACGATGATTACCGTATTCCGGTACTGATTCGTATCGAGCCAGAGCGGCTGAAAATGCAGCTTGGCGAAAATGCGGATGTTGTTGAGCACCTTGGCGAATTGTTGAAACGTGGTTTACGCGGATCGCTGAAAACCGGAAACCTGGt < 1:1361187/289‑1 (MQ=255) 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