| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 884,160 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 884,160 | 0 | A | T | 99.5% | 912.8 / NA | 384 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.34e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 884,161 | 0 | G | C | 100.0% | 911.3 / NA | 381 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (184/197); total (184/197) | |||||||||||
| * | CP042583 | 884,162 | 0 | T | A | 99.7% | 901.1 / NA | 381 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (183/195); total (184/197) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 384 total aligned reads displayed.
GCCCCTGTGAGTTACTGTATGGATGTACAGTACATCCAGTGACAACAAAGATCAACCCTATTTTCGGAAAGAGCCTCGCAAATTTTGTCGTTGGTGACGGGAAAACATAAATTAATCTTGCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAAAGTCAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGAAGTTTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCAAAGTGCACAGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAATTACTATCGGGTTGATGAAAGTCTATGGCGAAATCAACTGAAGCTGGTGCGTCTGAGCAAATATTCTCTCGATGCAGCGCTGAAAGAGAAAAGCACGCGCAATACCCGGGAAA > CP042583/883877‑884436 ||| gTTACTGTATGGATGTACAGTACATCCAGTGACAACAAAGATCAACCCTATTTTCGGAAAGAGCCTCGCAAATTTTGTCGTTGGTGACGGGAAAACATAAATTAATCTTGCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGt < 1:1545647/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |