Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 478,421 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 478,421 | 0 | A | T | 99.0% | 453.3 / NA | 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (82/111); minor base C (2/0); total (84/111) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 478,422 | 0 | G | C | 99.5% | 455.6 / NA | 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (83/111); minor base T (1/0); total (84/111) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.31e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 478,423 | 0 | T | A | 100.0% | 456.7 / NA | 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (84/111); total (84/111) |
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
CATGCGCATTGAGGGAATAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCAGC‑GTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGAGCGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCAGTCAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTAGCCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCAGTTTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTG > CP042583/478143‑478696 ||| cATGCGCATTGAGGGAATAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCG‑GTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTgg < 1:1852981/289‑1 (MQ=255) cATGCGCATTGAGGGAATAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCG‑GTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACACCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTgg < 1:61843/289‑1 (MQ=255) tGCGCATTGAGGGAATAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCG‑GTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCg < 1:1838561/289‑1 (MQ=255) tGCGCATTGAGGGAATAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCG‑GTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCg < 1:1632745/289‑1 (MQ=255) 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ttGAGGGAATAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCG‑GTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCtt < 1:146423/289‑1 (MQ=255) aGGGAATAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCG‑GTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGa < 2:177967/281‑1 (MQ=255) aGGGAATAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCG‑GTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGa > 1:177967/1‑281 (MQ=255) aaTAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCG‑GTGGCGAACCGTTTTTTGGTTCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGCTCTTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCCGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTCACGCTTCCTGCCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTGTCACAGTTTGGCTACCCTTTAGTGTa > 2:1968107/1‑289 (MQ=255) tAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCG‑GTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATg > 1:760495/1‑289 (MQ=255) tAACCAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCCCG‑GTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATATGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGCTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAACTCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGGCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATg > 1:1692407/1‑289 (MQ=255) 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cAATGATTGAATGGATTATTCGTCGCTCG‑GTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTGTTCGGTGCCTGGCCCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACCGTTTGGCGACTCTTATGTGTAGTTCAt > 2:1400354/1‑289 (MQ=255) gagtgaagtgtttattCGTCGCTCG‑GTGGCGAACCGGTTTTGGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCGGGGGCACCTGGACCATAATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTc < 2:1843383/278‑1 (MQ=255) gATTGAATGGATTATTCGTCGCTCG‑GTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGTGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTc > 1:972856/1‑289 (MQ=255) 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ttattCGTCGCTCG‑GTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCa < 1:271240/288‑1 (MQ=255) ttattCGT‑GCATCGGTGGCAAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGAGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCGCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAACTCGTTGACAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCAGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCa < 2:1435177/288‑1 (MQ=255) tcgtcgCTCG‑GTGGCGAACCGTTTTTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGAt < 1:587855/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |