| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 896,042 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 896,042 | 0 | A | T | 99.4% | 732.3 / NA | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.85e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 896,043 | 0 | G | C | 99.7% | 730.8 / NA | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (177/134); total (178/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 896,044 | 0 | C | G | 100.0% | 733.5 / NA | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (178/134); total (178/134) | |||||||||||
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
AGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATAAATGCTATCGCCGCGCCCACTTCGACGCCGGAGAGTTCGTCCAGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGG‑AATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCA‑CGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTAGCTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCG‑CAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATAACCAGCAACCTACAGAAACCGAACATCAGCCAGGCAATGAGGATAAACAGGCATGAGCACTCAGTACGAAACTCAGGGATACACCATCAATAATGCCGGACGCCGCCTGGTGGTCGACCCGATTACGCGCATCGAAG > CP042583/895768‑896323 ||| acatgcggaacgAACGGGCGGTACGCGGATGTTTTAGGGTAAGCGAACCCACGGCAAAGGCTATGGCCGCGCCCACTGCGACGCCGGAGAGTTCGTCCAGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACGGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGG‑AATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCA‑CGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCcgc < 2:1361656/278‑1 (MQ=255) tGTCGGCAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATAAATGCTATCGCCGCGCCCACTTCGACGCCGGAGAGTTCGTCCAGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGG‑AATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCA‑CGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGt < 1:627776/288‑1 (MQ=255) tGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATAAATGCTATCGCCGCGCCCACTTCGACGCCGGAGAGTTCGTCCAGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACTCGCTGG‑AATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCA‑CGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAAAGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCcgcg < 1:1961975/287‑1 (MQ=255) tCGACAGAATGGGCCGGCCCCTGGTGTTCATAGGTCAGCGAATCCACGGTAAATGCGATCGCCGCGCCCACTTCGACGCCGGAGAGTTCGTCCAGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGG‑AATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCA‑CGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTg < 2:434472/287‑1 (MQ=255) 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cTATGGTCAGCGAATCCACGATAAATGCTATCGCCGCGCCCACTTCGACGCCGGAGAGTTCGTCCAGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGG‑AATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCA‑CGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCG‑CAAATGGGTACTCATTcc < 1:1920054/289‑1 (MQ=255) tGGTCAGCGAATCCACGATAAATGCTATCGCCGCGCCCACTTCGACGCCGGAGAGTTCGTCCAGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGG‑AATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCA‑CGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGt < 2:746628/258‑1 (MQ=255) acgCGAATCCACGATAAATGCTAGCGCCGCGCCCACTTCGACGCCGGAGAGTTCGTCCAGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGG‑AATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCA‑CGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCG‑CAAATGGGTACTCATTCCAccgccg < 1:747639/287‑1 (MQ=255) 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gagaGTTCGTCCAGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAACGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGG‑AATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCA‑CGGCTGCCTGGGCTGTGCGGCAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATAGTCCG‑CAAATGGGTACTCATTCAACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCCCTTGGCGGGGGTGCAGCCGCCGTTgg > 2:1862403/1‑289 (MQ=255) cGTCCAGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGG‑AATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCA‑CGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCG‑CAAATGGATACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGTTGGCATCGACTGTTGGTGTGCAc > 2:1667531/1‑289 (MQ=255) gagTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGG‑AATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCA‑CGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCG‑CAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCCGCGGCTGTTGGTGGTCACGCAGt > 2:1301015/1‑288 (MQ=255) 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ttCTGGGATGGGGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGTTATTCCG‑CAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGGGGTGGTAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATAACCAGCAACCTACAGAAACCGAACATCAGCCAGGCAATGAGGATAAACAGGCATGAGCACTCAGTACGAAACTCAGGGATACACCATCAATAATGCCGGACGCCGCCTGGTGGTCGACCCGATTAcgc < 2:1880280/288‑1 (MQ=255) ||| AGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATAAATGCTATCGCCGCGCCCACTTCGACGCCGGAGAGTTCGTCCAGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGG‑AATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCA‑CGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTAGCTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCG‑CAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATAACCAGCAACCTACAGAAACCGAACATCAGCCAGGCAATGAGGATAAACAGGCATGAGCACTCAGTACGAAACTCAGGGATACACCATCAATAATGCCGGACGCCGCCTGGTGGTCGACCCGATTACGCGCATCGAAG > CP042583/895768‑896323 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |