Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 897,976 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 897,976 | 0 | A | T | 100.0% | 1092.4 / NA | 456 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 897,977 | 0 | G | C | 99.3% | 1066.9 / NA | 456 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (219/233); minor base A (1/2); total (220/236) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 897,978 | 0 | T | A | 99.3% | 1085.8 / NA | 456 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (218/235); minor base C (2/1); total (220/236) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.11e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 456 total aligned reads displayed.
ACGGAAAAATGGGAACCTGCAACCTGGCCGACAGAGTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTAGTACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGA > CP042583/897697‑898252 ||| aTGGGAACCTGCAACCTGGCCGACAGAGTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGc < 1:343479/289‑1 (MQ=255) ggAACCTGCAACCTGGCCGACAGAGTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGcga < 2:490648/288‑1 (MQ=255) ccTGCAACCTGGCCGACAGAGTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGacgacg < 1:1970800/289‑1 (MQ=255) gCCGACAGAGTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGCACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTg > 1:1662444/1‑289 (MQ=255) gCCGACAGAGTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTg > 1:1020026/1‑289 (MQ=255) cggggggCCGTGGGGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGAtct < 2:1011839/282‑1 (MQ=255) tGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTg < 1:1792776/288‑1 (MQ=255) tGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCCCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGATCTGATCTCCGTg > 2:589630/1‑288 (MQ=255) gccggtgttccGGTTTTGCCGAAGCGCCAGTCGGGGCGTTAGGCCACTGCGCCGCCCTTCGCGTTGTCAAGATTGATCTCTACCAGAGCGTGGTGCCGACCACCTGGGACGCCAGCCCGCGCGATCCCACAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCa < 2:690906/279‑1 (MQ=255) ccGTGGTTGCGGTTTTACCGAAGGGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCa < 2:250903/288‑1 (MQ=255) tCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTa > 1:58872/1‑289 (MQ=255) ggTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCCGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGCTCAACACAACTGCGGGCCGACGACGGTAGCTAGCTGACCTCGGTGCCGGTGCGTTAAc > 2:1754391/1‑289 (MQ=255) ttACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCg < 1:373555/289‑1 (MQ=255) gaCCGACGCGACGCGCGGGCCGTAAGGCCACTGGGCCACCATGCGGGCGGGCAAGAGTGGCCCCTACCACGGAGTGGTGCCGGCCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGGTCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAGGCGGCGCTGATGAACACAAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGa < 2:179598/288‑1 (MQ=255) ccgcGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAatca > 1:1391487/1‑289 (MQ=255) cgcgcgGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAatcat < 1:547806/289‑1 (MQ=255) gTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAAtcatca < 2:1910035/281‑1 (MQ=255) cACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAgg < 1:100255/247‑1 (MQ=255) cACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCg > 2:1128727/1‑289 (MQ=255) 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accTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGGTGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGa < 2:1582756/289‑1 (MQ=255) accTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGa < 1:568708/289‑1 (MQ=255) accTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTAATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTGTGACCCGTGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGa < 2:411885/289‑1 (MQ=255) 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tGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCCGCGCCGGGa > 2:239276/1‑289 (MQ=255) tGCCTCGCCTGTTCAACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGa > 1:446374/1‑289 (MQ=255) ||| ACGGAAAAATGGGAACCTGCAACCTGGCCGACAGAGTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGATTGATCTCTACCAGTGCGTGGTGCCGACCACCTGGAACGCCAGCCCGCGCGATCCCAAAGGGCAGATTGGCGCTTATGAAGCGGCGCTGATGAACACCAAAATGGCGATCCCCGAGCAACCGCTGGAGATCCTGCGTACTCTGCACAGCTTTGACCCGTGCCTCGCCTGTAGTACACACGTGCTGGGCGACGACGGTAGCGAGCTGATCTCCGTGCAGGTGCGTTAACAGCGAAGGAGAATCATCATGCAACAGAAAAGCGACAACGTTGTCAGCCACTATGTCTTTGAAGCGCCAGTGCGCATCTGGCACTGGTTGACGGTGTTATGCATGGCGGTGTTGATGGTCACCGGATACTTTATCGGCAAGCCGCTACCTTCCGTCAGCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGA > CP042583/897697‑898252 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |