Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 898,468 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 898,468 | 0 | A | T | 99.4% | 1216.4 / NA | 520 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (250/264); minor base G (3/0); total (255/265) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 898,469 | 0 | G | C | 99.8% | 1214.2 / NA | 520 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (254/264); total (255/265) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 898,470 | 0 | C | G | 99.4% | 1216.4 / NA | 520 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (252/262); total (255/265) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 520 total aligned reads displayed.
GCGGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGAGCGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCGTTATGTGGTGGAATTTTTCTACTGGACGGGTGGCAACAGTATGGACATTCACAGCTGGCATCGGCTGGGGATGTGGCTGATTGGCGCGTTTGTGATCGGTCATGTCTACATGGCGCTGCGTGAAGACATCATGTCCGACGACACGGTGATCTCCACCATGGTCAACGGCTACCGTAGCCACAAATTTGGCAAAATAAGTAACAAGGA > CP042583/898190‑898748 ||| ggcgaggcgaCGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATg < 2:1247381/288‑1 (MQ=255) gaCGTATCTGTTCTATCTGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCAc < 1:1664729/288‑1 (MQ=255) gaCGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCTCTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCAc < 1:562205/288‑1 (MQ=255) tATTTGTTTTGTATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCGGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGtt < 2:1169429/289‑1 (MQ=255) acaggTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGtt < 1:1470721/284‑1 (MQ=255) aTCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGtt < 1:239276/288‑1 (MQ=255) gTTCTTTATGGGCTACATCAGGTTAATGCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGCTGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTgcg < 2:591993/289‑1 (MQ=255) gTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTGCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTgcg < 1:116529/289‑1 (MQ=255) tatGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCTCGAGCCGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTACCTGATTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTCATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTAc > 1:707123/1‑289 (MQ=255) tatGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCttt < 2:107050/262‑1 (MQ=255) tatGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTAc > 1:587651/1‑289 (MQ=255) atGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACa < 1:439354/289‑1 (MQ=255) tGGGCTACATCCGGTTAATTCACTTCTGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTTCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGCTACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAg < 2:1023044/289‑1 (MQ=255) tGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAg < 1:1030875/289‑1 (MQ=255) gCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCCCTGGTTTTgcg > 2:535343/1‑278 (MQ=255) gCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTgcg < 1:162200/278‑1 (MQ=255) gCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACATCGa > 2:329154/1‑289 (MQ=255) gCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGa > 1:197846/1‑289 (MQ=255) gCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGCAGATGTTCGGCTATTTCCTGCTGTCGGTCTTTATGATCATCCCTGGTTTTGCGTTTTACAGCGa > 2:1405738/1‑289 (MQ=255) 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aTCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAAcaca > 1:1600455/1‑289 (MQ=255) aTCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAAcaca > 2:675425/1‑289 (MQ=255) cAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGCGTGGTATGCAATCCGCTGGTCTCTGTTTCTGGCAAAACGGCCGAGTGCCGATATAGGCCAAAATCCCATCGCCCCGGCGGCGATGTTCGCCTATTTCCTGAGGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGTTGTACATCGATCACAg > 2:569550/1‑288 (MQ=255) ggTTACTTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCTGGTATGGTGTAAAAGCTGGTGGCAGGGGGTGTGGTATGAAATCTGCTGGTATCTGTTTCTGGTAAAACGTCCGCGTGCCGATATAGGCCATAATCCTATCTCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCCGTCTTTATTAACTTCACTGGTTTTGCCGTGTACAgactccccagcca > 2:1700786/1‑277 (MQ=255) gTTAATTCACTTCAGCGCCGGGTTGGTTTTTCCCGGGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCa < 2:1971018/288‑1 (MQ=255) ttAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGcc < 1:1579006/286‑1 (MQ=255) 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tttttACCGGGGTTTTGCTGATGCGGATCTTCTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTGCGccgttccgtt < 2:1882609/288‑1 (MQ=255) aCCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATCATCCCATCGCCCAGGCGGCGAGGTTCGGCTATTTCCTGATGCCGGTCTTTATGATCACACCTGGTTTTGCGCTGCACAGCGAACCCAACCACTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCTCTTTgtgg > 2:1533977/1‑289 (MQ=255) tGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCGTTCTGTGGTGGa > 1:642815/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |