Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 909,371 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 909,371 | 0 | G | C | 99.8% | 1219.7 / NA | 519 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 909,372 | 0 | C | G | 99.6% | 1201.6 / NA | 519 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (290/226); total (293/226) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.07e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 909,373 | 0 | T | A | 98.4% | 1167.1 / NA | 519 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/6); new base A (284/220); total (293/226) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 521 total aligned reads displayed.
CTTTCACCCGTCCGCTCATTAATTGCAGGGTACTTTCCAGCAGCGGGCGCGGTTCAAAGGGCTCATCGCTGACGCTAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAAGCTTTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTG‑CGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCGCTTTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTT‑CTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCGGGAAAGGGGAGTCAATATCACCGTCCAGCAGCCGTTGCAGCGCCTGCGTTTGTTCGGCAAGTGGACGCGTGACACTGCGATAAACCACGCGCCA > CP042583/909094‑909661 ||| cTTTCACCCGTCCGCTCATTAATTGCAGGGTACTTTCCAGCAGCGGGCGCGGTTCAAAGGGCTCATCGCTGACCGAAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGACTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGATGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCCGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATCCCGTACAGCGGTGTG‑AGGATCTCATGGCCCATCTCCGCCAGAAAGCCCGTTTTTGccgg > 2:955195/1‑287 (MQ=255) 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CTTTCACCCGTCCGCTCATTAATTGCAGGGTACTTTCCAGCAGCGGGCGCGGTTCAAAGGGCTCATCGCTGACGCTAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAAGCTTTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTG‑CGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCGCTTTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTT‑CTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCGGGAAAGGGGAGTCAATATCACCGTCCAGCAGCCGTTGCAGCGCCTGCGTTTGTTCGGCAAGTGGACGCGTGACACTGCGATAAACCACGCGCCA > CP042583/909094‑909661 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |