Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 911,127 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 911,127 | 0 | A | T | 99.8% | 1129.3 / NA | 475 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (242/231); minor base C (1/0); total (244/231) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 911,128 | 0 | G | C | 99.6% | 1125.9 / NA | 475 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (243/230); minor base A (1/1); total (244/231) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 911,129 | 0 | T | A | 99.8% | 1130.2 / NA | 475 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (244/230); total (244/231) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 475 total aligned reads displayed.
AACCTGTTGCGCTGGCATGATGCGCAGCATTTCACGGTGCAAGCCTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATAGTTATTGGTTAAGCTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTAAAAGTGCTGGAGGCAGGCGGCTACAGCCAGTTGGCTACCCAGCAAGCACAAATCGACCAGTGTAAACAGTGGGGCGCAGAGGCCATTTTGCTCGGTAGTAGCACGACCAGTTTTCCCGACCTGCAAAAGCAGGTAGCAAGTCTGCCGGTGATCGAACTGGTAAATGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGAT > CP042583/910848‑911405 ||| atccTGTTGGGCTGGCATGATGAGCAGCATTTCACGGTGGAAGCCTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTAAAAGTGCTGGAGGCAGGCGGCTACAGCCAGTTGGCTACCCAGCAAGCACAAATCGACCAGTGTAAACAGTGGGGCGCAGAGGCCATTTTGCTCGGTAGTAGCACGACCTCATTTCCCg < 2:1771463/287‑1 (MQ=255) gCATGATGCGCAGCATTTCACGGTGCAAGCCTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTAAAAGTGCTGGAGGCAGGCGGCTACAGCCAGTTGGCTACCCAGCAAGCACAAATCGACCAGTGTAAACAGTGGGGCGCAGAGGCCATTTTGCTCGGTAGTAGCACGACCTCATTTCCCGACCTGCAAAAGCAg > 2:341743/1‑289 (MQ=255) caTTTCACGGTGCAAGCCTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTAAAAGTGCTGGAGGCAGGCGGCTACAGCCAGTTGGCTACCCAGCAAGCACAACTCGACCAGTGTAAACAGTGGGGCGCAGAGGCCATTTTGCTCGGTAGTAGCACGACCCAATTTCCCGACCTGGAAAAGCAGGTAGCAAGTCTg > 2:11271/1‑288 (MQ=255) ttCACGGTGCAAGCCTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTAAAAGTGCTGGAGGCAGGCGGCTACAGCCAGTTGGCTACCCAGCAAGCACAAATCGACCAGTGTAAACAGTGGGGCGCAGAGGCCATTTTGCTCGGTAGTAGCACGACCTCATTTCCCGACCTGCAAAAGCAGGTAGCAAGTCTGCCgg > 2:281489/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |