| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 479,339 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 479,339 | 0 | A | T | 99.5% | 514.5 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 479,340 | 0 | G | C | 99.1% | 508.3 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (108/108); minor base A (1/1); total (109/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 479,341 | 0 | C | G | 100.0% | 516.9 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (109/109); total (109/109) | |||||||||||
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
AGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCAGCGCGCTGGTGGCGATTATTAGCTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGAGCTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGAT‑CGAGAATGCGCATAAACGGCTGGAAGAGTGGCAGCACCAGCATCCTGACGCCACGCTGGATAATAAAACGCGCTGGCAGGTGATCACCGATGCGTCTGTTGAAGTGGGGCCGGCGCTATTTATCAGTCTGCTGATTATCACGTTGAGCTTTATCCCGATCTTCACCCTGGAAGGGCAGGAAGGGCGTCTGTTTGGCCCGTTGGCGTTCACCAAAACGTATGCGAT > CP042583/479062‑479622 ||| cgccgTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGAtt > 2:1826223/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |