Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 914,318 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 914,318 | 0 | A | T | 99.3% | 1007.1 / NA | 426 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.49e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 914,319 | 0 | G | C | 100.0% | 1015.9 / NA | 426 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (221/205); total (221/205) | |||||||||||
* | CP042583 | 914,320 | 0 | C | G | 99.8% | 994.3 / NA | 426 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (219/204); total (221/205) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 426 total aligned reads displayed.
GTTCGAACTGGATAAATATCCGAGCAAAATGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAAAGCACGGGGATGTTCCATAACGCTAGCGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTAGCATGGA‑AGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTGGGGCTCCGATTTGCTGAAAAACCAGCAAGCGAACTGGTGGTGCCCGGATCACGATGTTTATGAATATTACGCGCAGCTAAAAGCGAAAGTCGCCGCCGGTGAAATT > CP042583/914038‑914599 ||| ttCGAACTGGATAAATATCCGTCGAAAATGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGTGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGACGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGCGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATg > 1:108943/1‑288 (MQ=255) ttCGAACTGGATAAATATCCGTCGAAAATGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCAGAACGCTTCGGGGATGc > 2:160160/1‑289 (MQ=255) tGGATAAATATCCGTCGAAAATGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGaa < 1:1202602/289‑1 (MQ=255) ccgtcgaaaaTGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCt < 1:433677/283‑1 (MQ=255) ccgtcgaaaaTGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCt < 1:248174/283‑1 (MQ=255) cgtcgaaaaTGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCtt > 1:158949/6‑289 (MQ=255) cgtcgaaaaTGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCtt > 1:1609414/6‑289 (MQ=255) cgtcgaaaaTGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCtt > 1:1481691/6‑289 (MQ=255) cgtcgaaaaTGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCCCGACATGTTCTATGTAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAAACGACGGGGATGTTCCTTAACGCTTCGGGGCTGCTGGCTGAAGCGATTTCCtt > 2:248174/6‑289 (MQ=255) cggcaaaaaTGGTTGCCGGATTGCCGGAAC‑CGTACACACGGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTg < 2:1190889/284‑1 (MQ=255) gtcgaaaaTGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCtt > 1:1052396/5‑288 (MQ=255) gtcgaaaaTGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTg < 2:1869089/285‑1 (MQ=255) tcgaaaaTGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATGGCCTTGc > 1:1177357/4‑289 (MQ=255) cgaaaaTGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACTCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCa < 1:544493/287‑1 (MQ=255) cgaaaaTGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCa < 1:1345480/287‑1 (MQ=255) cgaaaaTGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCa < 1:1704365/287‑1 (MQ=255) gaaaaTGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGGATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCGCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCa < 2:1661128/287‑1 (MQ=255) aaTGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGt < 2:1307890/289‑1 (MQ=255) gtttgcagcattgccggaTCACGTAGACAACGGGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAAt < 2:1489237/287‑1 (MQ=255) ccggattgccggatCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGCGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACCCTGCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGCAATcgcgg > 2:564877/1‑288 (MQ=255) tgtccggagCACGTACACGACGGGGCGCGTAGTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTa < 2:1453869/286‑1 (MQ=255) cggttcacggcaccaACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGGTGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACggg < 2:1693553/276‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGA‑AGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCaaaa > 2:379700/1‑210 (MQ=255) ccGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGA‑AGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTGGGGCTCCGATTTGCTGAAAAACCAGCAAGCGAACTGGTGGTGCCCGGATCACGATGTTTATGAATATTAcgc < 1:465127/289‑1 (MQ=255) cGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCCTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGA‑AGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTGGGGCTCCGATTTGCTGAAAAACCAGCAAGCGAACTGGTGGTGCCCGGATCACGATGTTTATGAATATTAcgc > 1:743097/1‑288 (MQ=255) gTGGTTGGCAATCGACGGGGATGGTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCCATTGCCTTGCATAGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATCACTCTACCGGTGCTCCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGA‑AGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTGGGGCTCCGATTTGCTGAAAAACCAGCAAGCGAACTGGTGGTGCCCGGATCACGATGTTTATGAATATTACGCGCAGCt > 1:1443985/1‑289 (MQ=255) tGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTTCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGA‑AGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCa > 1:795653/1‑200 (MQ=255) ggcaatcgaCGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGA‑AGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGa > 1:237555/9‑183 (MQ=255) ggcaatcgaCGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGA‑AGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTGGGGCTCCGATTTGCTGAAAAACCAGCAAGCGaa > 2:752004/9‑238 (MQ=255) tcgaCGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGA‑AGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTGGGGCTCCGATTTGCTGAAAAACCAGCAAGCGAACTGGTGGTGCCCGGATCACGATGttt > 1:157141/4‑259 (MQ=255) ||| GTTCGAACTGGATAAATATCCGAGCAAAATGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAAAGCACGGGGATGTTCCATAACGCTAGCGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTAGCATGGA‑AGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTGGGGCTCCGATTTGCTGAAAAACCAGCAAGCGAACTGGTGGTGCCCGGATCACGATGTTTATGAATATTACGCGCAGCTAAAAGCGAAAGTCGCCGCCGGTGAAATT > CP042583/914038‑914599 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |