| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 916,208 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 916,208 | 0 | A | T | 99.3% | 1280.0 / NA | 548 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 916,209 | 0 | G | C | 99.5% | 1290.7 / ‑5.3 | 548 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (297/247); minor base A (2/1); total (300/248) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 916,210 | 0 | C | G | 99.5% | 1272.8 / NA | 548 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (295/247); total (300/248) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 548 total aligned reads displayed.
GAGCGAAACGCTGCGTCAGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACAAGCCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACGGCCCCGTGGAGATGGTGGCGCAGTGCGAATATGTTCCCGCGAGCCAGGTGAAAAGTTGAATTAACCCGCGTCGCAGGTGAAATCATGACCACGCTGACAGCACAACAGATTGCCTGTGTTTACGCCTGGCTAGCGCAGTTGTTCTCCCGTGAGCTGGACGATGAACAACTGACGCAAATCGCCA > CP042583/915931‑916482 ||| gtcggAAACGCTGCGTCAGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGgc > 1:1746543/5‑288 (MQ=255) 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GAGCGAAACGCTGCGTCAGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACAAGCCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACGGCCCCGTGGAGATGGTGGCGCAGTGCGAATATGTTCCCGCGAGCCAGGTGAAAAGTTGAATTAACCCGCGTCGCAGGTGAAATCATGACCACGCTGACAGCACAACAGATTGCCTGTGTTTACGCCTGGCTAGCGCAGTTGTTCTCCCGTGAGCTGGACGATGAACAACTGACGCAAATCGCCA > CP042583/915931‑916482 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |