| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 919,610 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 919,610 | 0 | A | T | 99.5% | 989.3 / NA | 415 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 919,611 | 0 | G | C | 99.8% | 982.6 / NA | 415 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (206/208); minor base A (0/1); total (206/209) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 919,612 | 0 | C | G | 99.8% | 980.5 / ‑5.0 | 415 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (206/207); minor base A (0/1); total (206/209) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 415 total aligned reads displayed.
AGTTTACAACGAATTCATTAAAATGGTTGATAAAAAAACGATCGAGGCTCTTGTTGATACGGCATTCTATAATCTCAGGGAAGATGTAAAGACGTTATTTGGCGTTGATCTACAATCTGACAACCAAATTCAGGGGCAGAGTAGTCTTATGAGTTGGAGCTTTCTGTTTTTTAAAAAACAATTCATTGATAGTTGCTTGAATAACGAAAAATGTATCCTGCATTTACCCGAGTTTATATTTAATGATAACAAGAACTTGCTTGCTTTAGATACCGACACGAGCGATAGGATTAAAGCGGTGAAGAATTTTCTTGTTGTTCTTAGTGATAGCATTTGCAGTTTATTTATTGTTAATAGTAATGTGGCAAGTATCTCCTTGGGGAATGAATCCTTTAGTACAGATGAAGATCTTGAGTATGGTTATTTAATGAACACTGGCAATCATTATGACGTTTACCTCCCTCCTGAACTTTTTGCTCAGGCTTACAAGTTAAACAATAAGGAAATGAATGCGCAACTCGACTATTTAAATCGTTATGCAATTTAATGGCAAAGGCATAT > CP042583/919330‑919890 ||| tACAACGAATTCATTAAAATGGTTGATAAAAAAACGATCGAGGCTCTTGTTGATACGGCATTCTATAATCTCAGGGAAGATGTAAAGACGTTATTTGGCGTTGATCTACAATCTGACAACCAAATTCAGGGGCAGAGTAGTCTTATGTCATGGAGCTTTCTGTTTTTTAAAAAACAATTCATTGATAGTTGCTTGAATAACGAAAAATGTATCCTGCATTTACCCGAGTTTATATTTAATGATAACAAGAACTTGCTTGCTTTAGATACCGACACGTCGGATAGGATTa > 1:178467/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |