Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 919,697 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 919,698 | 0 | G | C | 99.8% | 990.5 / NA | 416 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (192/223); minor base T (0/1); total (192/224) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 919,699 | 0 | T | A | 100.0% | 1000.6 / NA | 416 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (192/224); total (192/224) |
Only 100 of 416 total aligned reads displayed.
AAGACGTTATTTGGCGTTGATCTACAATCTGACAACCAAATTCAGGGGCAGAGTAGTCTTATGAGTTGGAGCTTTCTGTTTTTTAAAAAACAATTCATTGATAGTTGCTTGAATAACGAAAAATGTATCCTGCATTTACCCGAGTTTATATTTAATGATAACAAGAACTTGCTTGCTTTAGATACCGACACGAGCGATAGGATTAAAGCGGTGAAGAATTTTCTTGTTGTTCTTAGTGATAGCATTTGCAGTTTATTTATTGTTAATAGTAATGTGGCAAGTATCTCCTTGGGGAATGAATCCTTTAGTACAGATGAAGATCTTGAGTATGGTTATTTAATGAACACTGGCAATCATTATGACGTTTACCTCCCTCCTGAACTTTTTGCTCAGGCTTACAAGTTAAACAATAAGGAAATGAATGCGCAACTCGACTATTTAAATCGTTATGCAATTTAATGGCAAAGGCATATGCTAAAAACCATTGTTATTAGTCTCACACTTTTTTATTGGTAAATATTGTCTCTGTATTGGTAACGCCGCAGATATTCTGTTTAGCCA > CP042583/919418‑919978 ||| gTTATTTGGCGTTGATCTACAATCTGACAACCAAATTCAGGGGCAGAGTAGTCTTATGTCATGGAGCTTTCTGTTTTTTAAAAAACAATTCATTGATAGTTGCTTGAATAACGAAAAATGTATCCTGCATTTACCCGAGTTTATATTTAATGATAACAAGAACTTGCTTGCTTTAGATACCGACACGTCGGATAGGATTAAAGCGGTGAAGAATTTTCTTGTTGTTCTTTCAGATAGCATTTGCTCATTATTTATTGTTAATAGTAATGTGGCATCAATCTCCTTgggg > 2:197737/1‑289 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |