| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 481,034 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 481,034 | 0 | A | T | 99.6% | 527.5 / NA | 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (115/109); minor base G (0/1); total (115/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 481,035 | 0 | G | C | 99.6% | 544.1 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (120/111); total (120/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 481,036 | 0 | C | G | 100.0% | 544.5 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (120/112); total (120/112) | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
TGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGAGCTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATATCACGGCGCGGTCCTGCGCGTGCGCCCGAAAGCGATGACGGTGGCGGTGATTATCGCCGGTCTGCTGCCGATTCTGTGGGGAACGGGGGCTGGTAGTGAGGTGATGAGCCGGATTGCCGCGCCGATGATTGGCGGCATGATCACCGCACCTTTGCTGAGCCTGTTTATTATCCCGGCGGCGTATAAGCTGATGTGGCTGCACCGACATCGGGTACGGAAATAAAAGCA > CP042583/480759‑481314 ||| tGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCTTGCGGTCGTTGAATAATc > 2:1547945/1‑288 (MQ=255) cgcCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCAGGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCcacacaaa > 2:1223198/1‑285 (MQ=255) cgcCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACa > 1:1324814/1‑289 (MQ=255) cAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGGTGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTc > 1:758956/1‑289 (MQ=255) aaaCCGTAAGGTTAGACGCATGGTGCCGTGGACGTTAGTGATTATCTTAGTTCTGTTGGTTCGGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGAATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGCCGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGCCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATGTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACAtt < 2:867087/287‑1 (MQ=255) aCCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAg < 1:1007364/289‑1 (MQ=255) cATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCCCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGTCCGTGCCGTCGTTGAATAATCcaca < 1:926330/278‑1 (MQ=255) tAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAg < 2:1752886/289‑1 (MQ=255) tAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAg < 2:190202/289‑1 (MQ=255) tAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAg < 1:1565927/289‑1 (MQ=255) tAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTAGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAg < 2:237116/289‑1 (MQ=255) aaCTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGaa > 1:437221/1‑286 (MQ=255) tGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGa > 1:873034/1‑289 (MQ=255) 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cagcagCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATATCACGGCGCGGTCCTGCGCGTGCGCCCGAAAGCGATGACGGTGGCGGTGATTATCGCCGGTCTGCTGCCg < 1:1904165/289‑1 (MQ=255) gcagcGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATTAGGCGTTATATCACGGCGCGGTCCTGCGCGTGCGCCCGAAAGCGAGCACGGTGGCGGGGATTATCGCCGGTCTGCTGCCgct > 2:592012/1‑287 (MQ=255) gcGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATATCACGGCGCGGTCCTGCGCGTGCGCCCGCAAGCGATGACGGTGGCGGTGATTATCGCCGGTCTGCTGCCGAt > 1:321052/1‑286 (MQ=255) 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cGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATATCACGgcg < 1:974799/68‑1 (MQ=255) cGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATATCACGgcg > 2:974799/1‑68 (MQ=255) cGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATATCACGGCGCGGTCCTGCGCGTGCGCCCGAAAGCGATGACGGTGGCGGTGATTATCGCCGGTCTGCTGCCGATTCTGTGGGGAACGGGGGc < 1:716852/150‑1 (MQ=255) ||| TGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGAGCTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATATCACGGCGCGGTCCTGCGCGTGCGCCCGAAAGCGATGACGGTGGCGGTGATTATCGCCGGTCTGCTGCCGATTCTGTGGGGAACGGGGGCTGGTAGTGAGGTGATGAGCCGGATTGCCGCGCCGATGATTGGCGGCATGATCACCGCACCTTTGCTGAGCCTGTTTATTATCCCGGCGGCGTATAAGCTGATGTGGCTGCACCGACATCGGGTACGGAAATAAAAGCA > CP042583/480759‑481314 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |