| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 927,531 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 927,531 | 0 | G | C | 99.6% | 1091.8 / NA | 464 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (220/241); total (222/242) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 927,532 | 0 | C | G | 99.6% | 1085.4 / NA | 464 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (220/241); minor base T (1/1); total (222/242) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 927,533 | 0 | T | A | 99.4% | 1083.8 / NA | 464 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (219/240); minor base C (2/1); total (222/242) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 464 total aligned reads displayed.
CATCCCTGCCGCTCGCGCTGCGGTCACGGCGGTTTGAATGTTGGCAATGACCGGGCGAGTGGTACTGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCGCTCAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCAGGCACGCTTGCGACTTCATCTAACATGCGCGCGACACTGGCGTAAGAACCGACTAACGTCCCCATATTGATGTTTACCGCGCTAGTGGGATCGGCCATCTGACGAACGTTGGTGTCAGTACCGGAGCGGGTATCTTTCTGACTTTGTTCGGTTAGCCAGCTTAACGCCTCTTCATCCGCGCCCGCTTTGTAGTGTTCCCATTTGGCGCGAGCGGCATCGTCGGTTTCATCGGCAATC > CP042583/927253‑927810 ||| cTGCCGCTCGCTCTGCGGGCTCTGCGGTTTGAATGTGGGCAATGACCGAGCGAGTGGTTTCGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTTCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAAtcgtcg < 1:742643/289‑1 (MQ=255) tGCCGCTCGCGCTGCGGTCACGGCGGTTTGAATGTTGGCAATGACCGGGCGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAAtcgtcta > 1:164321/1‑287 (MQ=255) ccgcccgcGGTGCGGTCACGGCGGTTTGAATGTTGGCAAAGACCGGGCGAGTGGTTGAGGCATCAAACCCCGCGAGAACTAAGTAGCCGCCTGGGGTTGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAg < 1:1781130/289‑1 (MQ=255) tCGCGCTGCGGTCACGGCGGTTTGAATGTTGGCAATGACCGGGCGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGtt < 2:243500/288‑1 (MQ=255) cgcgCTGCGGTCACGGCGGTTTGAATGTTGGCAATGACCGGGCGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTa > 1:1460408/1‑288 (MQ=255) cGGTCACGGCGGTTTGAATGTTGGCAATGACCGGGCGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCAc < 2:564055/288‑1 (MQ=255) ggTCACGGCGGTTTGAATGTTGGCAATGACCGGGCGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACg < 2:1073391/288‑1 (MQ=255) cggcggTTTGAATGTTGGCAATGACCGGGCGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCg > 1:1057246/1‑289 (MQ=255) gcggTTTGAATGTTGGCAATGACCGGGCGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGc > 1:1489925/1‑289 (MQ=255) tttGAATGTTGGCAATGACCGGGCGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCa > 2:788348/1‑289 (MQ=255) aaTGACCGGGCGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCAGGCACGCTTGCGa < 1:496453/289‑1 (MQ=255) atagccGGGGGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTGGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCAGGCACGCTTGCGAc < 2:1674337/285‑1 (MQ=255) aTGACCGGGCGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCAGGCACGCTTGCGa < 1:650022/288‑1 (MQ=255) aTGACCGGGCGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCAGGCACGCTTGCGAc < 1:1809870/289‑1 (MQ=255) aTGACCGGGCGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCAGGCACGCTTGCGAc < 1:299607/289‑1 (MQ=255) aTGACCCGGCGTGGGGTTGAGACATCAAACCCGGCGGGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCAGGCACGCTTGCGAc < 2:1460408/289‑1 (MQ=255) ccGGGCGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAAtcgtcg < 1:1186710/244‑1 (MQ=255) ggCGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCAGGCACGCTTGCGACTTCATCt > 1:1312644/1‑289 (MQ=255) ggCGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCAGGCACGCTTGCGACTTCATCt > 1:188739/1‑289 (MQ=255) tggttgagACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCAc < 2:622342/242‑1 (MQ=255) gtgcgACATGAAATGCGGCGAGGTCTGAGTAGCCGTCGGGGGTGGCATAAGCGGTTGGCATAGCCACCACGGTCAACGCACTTTGCTGCGGATAGAAGGTAATGGCTTCCTGTCGAGCGGTTAAGGGCGTCATCAAGCCACCTCCTGAGACAGCGCAGGGAGATGGGGGAGGCACTGCATCAGTGGTTGAATGCGCATGGCGAAGGTTTCGATTACCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCAGGCACGCTTGCGACTTCATCTAACATgcg < 2:1851602/284‑1 (MQ=255) tgagACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCAGGCACGCTTGCGACTTCATCTAACATgcgcg < 1:1432167/286‑1 (MQ=255) 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cATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCAGGCACGCTTGCGACTTCATCTAACATGCGCGCGaca < 1:110901/289‑1 (MQ=255) tCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGACGCCTGGCGTGGGATAAGCGTTTTTCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATGGAAGGTAATGGATTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCTGCATTGCAGCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCAGGCACGCTTGCGACTTCATCTAACATGCGCGCGACACt < 2:198859/289‑1 (MQ=255) cGAGATCGAATTGGCGACCTGTGGTGGCATAGGCGTTTTGCATATCCACCACGAGCAGCGCACTTTGCTACGGATCGAAGGTAATGGATTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCAGGCACGCTTGCGACTTCATCTAACATGCGCGCGACACTGGCGTAAGa < 2:1276887/288‑1 (MQ=255) 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tCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCAGGCACGCTTGCGACTTCATCTAACATGCGCGCGACACTGGCGTAAGAACCGa > 2:698252/1‑239 (MQ=255) cAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCAGGCACGCTTGCGACTTCATCTAACATGCGCGCGACACTGGCGTAAGa > 1:1923410/1‑233 (MQ=255) ggcACTTTGCTGCGGATGCAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCAGGCCACCTCCTGAGGCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCAGGCACGCTTGCGACTTCATCTAACATGCGCGCGACACTGGCGTAAGAACCGACTAACGTCCCCATATTGATGTTTACCGCCGAAGTGGGATCGGCCATCTGACGa < 2:1818512/287‑1 (MQ=255) 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ttCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCAGGCACGCTTGCGACTTCATCTAACATGCGCGCGACACTGGCGTAAGAACCGACTAACGTCCCCATATTGATGTTTACCGCCGAAGTGGGATCGGCCATCTGACGAACGTTGGTGTCAGTACCGGAGCGGGTATCTTTCTGACTTTGTTCGGTTAGCCAGCTTAACGCCTCTTCATCCGCGCCCGCTTTGTAGTGTTCCCATTTGGCGCGAGCGGCATCGTCGGTTTCATCGGCAAt < 1:1009715/288‑1 (MQ=255) ttCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAAAAGCACGCCTTCGGCACCAGGCACGCTTGCGACTTCATCTAACATGCGCGCGACACTGGCGTAAGAACCGACTAACGTCCCCATATTGATGTTTACCGCCGAAGTGGGATCGGCCATCTGACGAACGTTGGTGTCAGTACCGGAGCGGGTATCTTTCTGACTTTGTTCGGTTAGCCAGCTTAACGCCTCTTCATCCGCGCCCGCTTTGTAGTGTTCCCATTTGGCGCGAGCGGCATCGTCGGTTTCATCGGCAATc < 1:590/289‑1 (MQ=255) ||| CATCCCTGCCGCTCGCGCTGCGGTCACGGCGGTTTGAATGTTGGCAATGACCGGGCGAGTGGTACTGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCGCTCAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCAGGCACGCTTGCGACTTCATCTAACATGCGCGCGACACTGGCGTAAGAACCGACTAACGTCCCCATATTGATGTTTACCGCGCTAGTGGGATCGGCCATCTGACGAACGTTGGTGTCAGTACCGGAGCGGGTATCTTTCTGACTTTGTTCGGTTAGCCAGCTTAACGCCTCTTCATCCGCGCCCGCTTTGTAGTGTTCCCATTTGGCGCGAGCGGCATCGTCGGTTTCATCGGCAATC > CP042583/927253‑927810 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |