| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 934,906 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 934,906 | 0 | A | T | 99.4% | 1254.6 / NA | 530 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (262/263); minor base C (3/0); total (266/264) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 934,907 | 0 | G | C | 99.6% | 1240.9 / NA | 530 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (263/263); total (266/264) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 934,908 | 0 | T | A | 99.2% | 1245.4 / NA | 530 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (261/264); minor base C (4/0); total (266/264) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 530 total aligned reads displayed.
GGGTTACTTCGGGCAGCCGCACATTCTGGCGCGTTTTATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGAGCGCAATTCTGGCGGCGGTAATGAGTACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCAGCGTGATGTGGAGTCGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGG > CP042583/934626‑935187 ||| gggTTACTTCGGGCAGCCGCACATTCTGGCGCGTTTTATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTTTCGGCAATTATGGCGGCTGTAATGTCAACCTTa > 2:1495921/1‑289 (MQ=255) tcgttCGGGCAGCCGCACATTCTGGCGCGTTTTATTGCGGCGGGTTCTCACCACAGCATTGTCCGTGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGtt < 2:947802/286‑1 (MQ=255) ttagggTAGCCTCACTTTCTGGCGGGTTTGATGGCGGCGGAGTCTCACCACAGCTTTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGcc < 2:1281544/286‑1 (MQ=255) ttCGGGAGGCTGCACATCCTGGGGCTTTTTATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGGGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGcc < 2:491895/289‑1 (MQ=255) ggCAGCCGCACATTCTGGCGCGTTTTATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCCGCTGTCGGCAATTTCGGCGGCGGTTATGTCAACCTTAAGTTGccccgt > 2:103146/1‑285 (MQ=255) aGCCGCACATTCTGGCGCGTTTTATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAgctgc < 2:237556/288‑1 (MQ=255) aGCCGCACATTCTGGCGCGTTTTATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAgctgc < 2:179259/288‑1 (MQ=255) ccGCACATTCTGGCGCGTTTTATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGcc > 2:224014/1‑280 (MQ=255) ccGCACATTCGGGCGGAGTTTATGGGGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCGTGCGCGTGGTATGAGTATGACGTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGctgctg < 2:283197/288‑1 (MQ=255) tGGCGCGTTTTATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAg > 1:1973818/1‑289 (MQ=255) ggCGCGTTTTATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTTGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTCCCGGGATTCTGCTGTCGTCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGt > 1:1324183/1‑289 (MQ=255) ttttATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGGTGTTGCTGTCGGCAATTCTGGAGGCGGTAATGTTAACGTTGAGCTTCCAGCTGCTGGTGTGCtgctctgggatt > 2:1574794/1‑278 (MQ=255) aTGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCg < 1:509047/289‑1 (MQ=255) cggATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGgtg > 1:442900/1‑263 (MQ=255) cggATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGAttt > 1:522577/1‑289 (MQ=255) ttCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTa < 1:857996/288‑1 (MQ=255) ttCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTa < 1:29788/288‑1 (MQ=255) caGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGtt > 1:941072/1‑288 (MQ=255) aGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTG‑TTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGtt > 2:577027/1‑286 (MQ=255) 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tcgtATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTTGTGGTGTGCTCCAGTTCGATTACCGAAGATTTTTACAAAGCGTTTCTGCTGAAACATgccag > 2:1507503/1‑288 (MQ=255) tcgtATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATgccag > 1:1591219/1‑288 (MQ=255) tcgtATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGGAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGTTTCATACAAAGCGTTTACGCGTATACATgcccg > 2:519628/1‑286 (MQ=255) tcgtATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGGCGGCAATTCTGGCGGCGGTAAGGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGGTGGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTTCAAAGCGTTTCTCGGGACACATgccag > 2:1819117/1‑288 (MQ=255) tATGACCTGGATGAACCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCCGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTTTTCTCCTGTGCGATTACCGAATATTTTTTCACATTGTTTCTGCGTAAACATgccactccaaaatag > 2:1738729/1‑278 (MQ=255) gaggACCTGGTTGTGCCTCGGCCTGGCAGGGGCGGTGGTTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAagag < 2:913320/286‑1 (MQ=255) aTGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAagag < 1:1833039/288‑1 (MQ=255) tGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTTCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAaga > 1:1879532/1‑286 (MQ=255) tGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGCAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACGTGCCAGCCCGAAaga > 2:1087801/1‑286 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |