| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 481,666 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 481,666 | 0 | A | T | 99.7% | 699.8 / NA | 294 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (137/156); minor base C (1/0); total (138/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 481,667 | 0 | G | C | 99.7% | 701.1 / NA | 294 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (138/155); minor base T (0/1); total (138/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 481,668 | 0 | T | A | 99.3% | 695.7 / NA | 294 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (136/156); minor base C (2/0); total (138/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
AAAGACACACAGGGGAAAGGCGTGAAAAACGCGAGTACCGTAAGCGAAGATACTGCGAGCAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCT‑GGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGTGGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTAGTTTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAACTACTGGGTAATGTTCGTGCTGGTGGGAATGGCAGAGCTGACCGCTGCGGGCATCTATATGCAGTACTGGTTCCCGGATGTTCCAACGTGGATTTGGGCTGCCGCCTTCTTTATTATCATCAACGCCGTTAACCTGGTGAACGTGCGCTTATATGGCGAAACCGAGTTCTGGTTTGCGTTGATTAAAGTGCTGGCAATCATCGGTATGATCGGCTT > CP042583/481390‑481943 ||| aaaGACACACAGGGGAAAGGAGTGAAAAACTCGTCAACCGTATCGGAAGATACTGCGTAGAATCAAGAGCGGACGGTGCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCT‑GGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGTGGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACt < 2:1415385/289‑1 (MQ=255) cacacaGGGGAAAGGCGTGAAAAACGCGTCAACCGTATCGGAAGATACTGCGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCT‑GGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGTGGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTg < 1:974080/287‑1 (MQ=255) acaGGGGAAAGGCGTGAAAAACGCGTCAACCGTATCGGAAGATACTGCGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCT‑GGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGTGGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCtat < 1:272572/289‑1 (MQ=255) acaGGGGAAAGGCGTGAAAAACGCGTCAACCGTATCGGAAGATACTGCGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCT‑GGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGTGGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCtat < 1:786642/289‑1 (MQ=255) aGGGGAAAGGCGTGAAAAACGCGTCAACCGTATCGGAAGATACTGCGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCT‑GGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGTGGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATaa < 2:693960/289‑1 (MQ=255) ggAAAGGCGTGAAAAACGCGTCAACCGTATCGGAAGATACTGCGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCT‑GGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGTGGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATaa < 1:1850487/286‑1 (MQ=255) aGGCGTGAAAAACGCGTCAACCGTATCGGAAGATACTGCGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCT‑GGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGTGGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTgg > 1:1818500/1‑289 (MQ=255) aGGCGTGAAAAACGCGTCAACCGTATCGGAAGATACTGCGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCT‑GGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGTGGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTgg > 2:1406460/1‑289 (MQ=255) tGAAAAACGCGTCAACCGTATCGGAAGATACTGCGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCT‑GGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGTGGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTg > 2:1091239/1‑270 (MQ=255) aaaaaCGCGTCAACCGTATCGGAAGATACTGCGTCGAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCT‑GGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGTGGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCCTTTGCCCACTTTGCCTATCAATACTggggcctgt > 2:1363122/1‑284 (MQ=255) 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ttagtgggtcgattCAAGAGCGGAGCTTTCTTCGGGGATTCCGTAACCGTCATGTTCAACTGAGTGGGTTGGGGGGGGCAATTGGTATTGGCCTGTTTCGTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGGCCGGCTGTATTGCT‑GGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGTGGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATGCTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTctggctgg < 2:1911307/274‑1 (MQ=255) cTGCGTGGAATAAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTAATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCT‑GGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGTGGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTCTGGCTGGAacta < 2:925700/289‑1 (MQ=255) tgcgtcgaaTCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGTACTGGTCTGTTTCTTGGCATTGGCCCGGCGATTCAGATGGCGGGTCCGGCTGTATTGCT‑GGGCTACGGCGTCGCCGGGATCATCGCTTTCCTGATTATGCGCCAGCTTGGCGAAATGGTGGTTGAGGAGCCGGTATCCGGTTCATTTGCCCACTTTGCCTATAAATACTGGGGACCGTTTGCGGGCTTCCTCTTTGGTCGGAact > 2:335025/8‑287 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |