Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 945,109 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 945,109 | 0 | G | C | 99.8% | 1208.5 / NA | 513 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 945,110 | 0 | C | G | 99.8% | 1198.5 / NA | 513 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (237/274); total (237/276) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 945,111 | 0 | T | A | 99.8% | 1214.5 / NA | 513 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (237/274); total (237/276) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 513 total aligned reads displayed.
AGCAGTGGAGAAGTTACTTGCCGGGTAGGGTTTAAATTGCCCGGTTTCGTCCTGAATGTTGTATACGCTAACAAAGATTTTACCCGTCGGCGCTGGCAGATGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTACTGTTATTTTGTAAACCGCTAAC‑CTGGATGGTGCTGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTGCTCAGTAGCCCACCTAAAATTTGACTCTGGATGGCCTGAGTAAAGTTATCTAACGCACTGGGTGTTTCAATACCAAAGTCATCGTTATAGCTCGGATCTTTATAAGAGTTTTGGGCCTGAGCGCTATTTAATAAAAAAGCGCCATTATT > CP042583/944831‑945390 ||| agcagTGGAGAAGTTACTTGCCGGGTAGGGTTTAAATTGCCCGGTTTCGTCCTGAATGTTGTATACCGAAACAAAGATTTTACCCGTCGGCGCTGGCAGATGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTTGAGTTATTTTGTAAACCCGAAAC‑CTGGa < 2:1370900/289‑1 (MQ=255) 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AGCAGTGGAGAAGTTACTTGCCGGGTAGGGTTTAAATTGCCCGGTTTCGTCCTGAATGTTGTATACGCTAACAAAGATTTTACCCGTCGGCGCTGGCAGATGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTACTGTTATTTTGTAAACCGCTAAC‑CTGGATGGTGCTGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTGCTCAGTAGCCCACCTAAAATTTGACTCTGGATGGCCTGAGTAAAGTTATCTAACGCACTGGGTGTTTCAATACCAAAGTCATCGTTATAGCTCGGATCTTTATAAGAGTTTTGGGCCTGAGCGCTATTTAATAAAAAAGCGCCATTATT > CP042583/944831‑945390 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |