Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 945,241 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 945,241 | 0 | G | C | 99.5% | 973.8 / NA | 413 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 945,242 | 0 | C | G | 100.0% | 981.6 / NA | 413 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (192/221); total (192/221) | |||||||||||
* | CP042583 | 945,243 | 0 | T | A | 100.0% | 983.8 / NA | 413 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (192/221); total (192/221) |
Only 100 of 413 total aligned reads displayed.
GCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTACTGTTATTTTGTAAACCGCTAACCTGGATGGTGCTGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTGCTCAGTAGCCCACCTAAAATTTGACTCTGGATGGCCTGAGTAAAGTTATCTAACGCACTGGGTGTTTCAATACCAAAGTCATCGTTATAGCTCGGATCTTTATAAGAGTTTTGGGCCTGAGCGCTATTTAATAAAAAAGCGCCATTATTTGGGTTACCACCAAAGTTTGGATTACGGAACTGGAAAGTCATGGTTCCAGCCCAACTTAATGGGCTAATAAGCATGAGTAGAACTACTGCATGTTTGACACGCATTGCAGCCTCCGAACAATTTTTTATTT > CP042583/944962‑945521 ||| gCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTTGAGTTATTTTGTAAACCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTCGACAGTAg < 2:1234100/288‑1 (MQ=255) cATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGTGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTTGAGTTATTTTGTAAACCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTCGACAGTAg < 1:761689/287‑1 (MQ=255) cATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTTGAGTTATTTTGTAAACCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTCGACAGTAGc < 2:1414645/288‑1 (MQ=255) aTTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTTGAGTTATTTTGTAAACCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTCGACAGTAGccc > 1:174379/1‑289 (MQ=255) 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aGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTTGAGTTATTTTGTAAACCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTCGACAGTAGCCCACCTAAAATTTGTGACTGGATGGCCTGAGTAAAGTTATCt < 2:697431/289‑1 (MQ=255) ccGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTTGAGTTATTTTGTAAACCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTCGACAGTAGCCCACCTAAAATTTGTGACTGGATGGCCTGAGTAAAGTTATCTAACg > 2:1736296/1‑288 (MQ=255) gcacAGTAACATGACGGCAACCAAACGAAATAAGCGATGCATGATTCTTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTTGAGTCATTTTGTAAACCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCATGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACCATATAAGTGTTGGTCACCACGAGGCACGGTTTACCGGCATTAATATTGGAAAGTAGACCACCGCAAATTAGTGGCGGGTTGGCGTAACTAGAGTTATCTAAAGctg > 2:47298/4‑287 (MQ=255) 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GCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTACTGTTATTTTGTAAACCGCTAACCTGGATGGTGCTGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTGCTCAGTAGCCCACCTAAAATTTGACTCTGGATGGCCTGAGTAAAGTTATCTAACGCACTGGGTGTTTCAATACCAAAGTCATCGTTATAGCTCGGATCTTTATAAGAGTTTTGGGCCTGAGCGCTATTTAATAAAAAAGCGCCATTATTTGGGTTACCACCAAAGTTTGGATTACGGAACTGGAAAGTCATGGTTCCAGCCCAACTTAATGGGCTAATAAGCATGAGTAGAACTACTGCATGTTTGACACGCATTGCAGCCTCCGAACAATTTTTTATTT > CP042583/944962‑945521 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |