Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 946,409 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 946,409 | 0 | A | T | 99.7% | 895.9 / NA | 375 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 946,410 | 0 | C | G | 99.5% | 889.8 / NA | 375 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (149/224); minor base T (0/2); total (149/226) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.20e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 946,411 | 0 | T | A | 100.0% | 897.3 / NA | 375 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (149/226); total (149/226) |
Only 100 of 375 total aligned reads displayed.
AGTTACCACTATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATAGAGCCACTAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGGCTTTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGATCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATTAAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTATTGATCGCACACCTGACAGCTGCCTCTAAAATAGAAGCACCAGAAGTACTGACAGATGTTGCACTGCTGTGTGTAGTAATAAATCAGCCCTAAATGGGTA > CP042583/946129‑946685 ||| aGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATAGAGCCTGAAGAGat > 2:380396/1‑289 (MQ=255) 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aTTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATAGAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAgcg < 1:609845/288‑3 (MQ=255) aTTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATAGAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAgcg < 1:763164/288‑3 (MQ=255) aTTCGCCGCGCAGGACGACTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCGCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATAGAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAgcg < 2:1798726/288‑3 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |