| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 947,403 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 947,403 | 0 | A | T | 100.0% | 898.6 / NA | 375 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (199/176); total (199/176) | |||||||||||
| * | CP042583 | 947,404 | 0 | G | C | 99.5% | 893.0 / NA | 375 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (197/176); minor base A (2/0); total (199/176) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 947,405 | 0 | T | A | 99.7% | 900.2 / NA | 375 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (198/176); minor base C (1/0); total (199/176) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 375 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |