| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 947,511 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 947,511 | 0 | A | T | 99.3% | 1070.2 / NA | 452 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (234/214); minor base G (1/2); total (236/216) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 947,512 | 0 | G | C | 99.1% | 1054.7 / NA | 452 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (234/212); minor base A (0/4); total (236/216) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.23e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 947,513 | 0 | T | A | 100.0% | 1087.5 / NA | 452 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (236/216); total (236/216) | |||||||||||
Only 100 of 452 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |