| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 951,115 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 951,115 | 0 | A | T | 100.0% | 1267.7 / NA | 531 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (255/276); total (255/276) | |||||||||||
| * | CP042583 | 951,116 | 0 | G | C | 99.1% | 1243.0 / NA | 531 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/4); new base C (254/271); total (255/276) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 951,117 | 0 | C | G | 99.4% | 1245.6 / NA | 531 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); major base G (252/274); minor base T (1/2); total (255/276) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 531 total aligned reads displayed.
ACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTAGTACATTGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTTAATTGATAAACGCTTTATTCAGAGCCAGTATGATGCGGCCTGGCAGCTCCGTCTGGACAGGTGGGGACGGATCAACTGGGTTGATCGTCATGCAAAGAAAGAGATTATTCTCAAAAAAGAACCCGCCACCAGTTTCTGGAAGCGGGTTATGGTCAGACTGGCGAGCATATTGCCCGTGGAATGGTTATTGTAAATGTGGCTTAACGGGCTGGTGCTTTATCGTTCTCACGCTTAACAACCGGTTTACCAGAGAACAAAAACTTCAGTAACGGGATGCGCAAATGAATTTCATACAGAATTATCGCAATCCCTACTACAAATATCAGGCCACAGAGAAAACCAAGCCAGTTGGAGGTGATGTGCGGTGTAATGTATGCGCCGAAAAACAGCGTTAACGGGTGGTGAACCAGATAGATAAACAGGCTTGCGTTAACAAAATAAGTC > CP042583/950836‑951395 ||| aCCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTTAATTGATAAACGCTTTATTCAGAGCCAGTATGATGCGGCCTGGCAGCTCCGTCTGGACAGGTGGGGACGGATCAACTGGGTTGATCGTCATGCAAAGAAAGAGATTATTCTCAAAAAAGAACCCGCCACCAGTTTCTGGAAGCGGGTTATGGTCAGACTGGCGTCGATATTGc < 2:1954752/289‑1 (MQ=255) tCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTTAATTGATAAACGCTTTATTCAGAGCCAGTATGATGCGGCCTGGCAGCTCCGTCTGGACAGGTGGGGACGGATCAACTGGGTTGATCGTCATGCAAAGAAAGAGATTATTTCCAAAAAAGAACCCGCCACCAGTTTCTGGAAGCGGGTTATGGTCAGACTGGCGTGGATATTGCCCGTGGTATg > 2:848318/1‑289 (MQ=255) cGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTTAATTGATAAACGCTTTATTCAGAGCCAGTATGATGCGGCCTGGCAGCTCCGTCTGGACAGGTGGGGACGGATCAACTGGGTTGATCGTCATGCAAAGAAAGAGATTATTCTCAAAAAAGAACCCGCCACCAGTTTCTGGAAGCGGGTTATGGTCAGACTGGCGTCGATATTGCCCGTGGaa > 2:1713066/1‑286 (MQ=255) gATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTTAATTGATAAACGCTTTATTCAGAGCCAGTATGATGCGGCCTGGCAGCTCCGTCTGGACAGGTGGGGACGGATCAACTGGGTTGATCGTCATGCAAAGAAAGAGATTATTCTCAAAAAAGAACCCGCCACCAGTTTCTGGAAGCGGGTTATGGTCAGACTGGCGTCGATATTGCCCGTGGAATGGt > 2:1751172/1‑289 (MQ=255) 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cTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTTAATTGATAAACGCTTTATTCAGAGCCAGTATGATGCGGCCTGGCAGCTCCGTCTGGACAGGTGGGGACGGATCAACTGGGTTGATCGTCATGCAAAGAAAGAGATTATTCTCAAAAAAGAACCCGCCACCAGTTTCTGGAAGCGGGTTATGGTCAGACTGGCGTCGATATTGc > 2:1421938/1‑223 (MQ=255) tACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTTAATTGATAAACGCTTTATTCAGAGCCAGTATGATGCGGCCTGGCAGCTCCGTCTGGACAGGTGGGGACGGATCAACTGGGTTGATCGTCATGCAAAGAAAGAGATTATTCTCAAAAAAGAACCCGCCACCAGTTTCTGGAAGCGGGTTATGGTCAGACTGGCGTCGATATTGCCCGTGGAATGGTTATTGTAAATGTGGCTTAACGGGCTGGTGCTTTATCGTTCTCACGCTTAACAACCGGtt > 1:1714621/1‑289 (MQ=255) tACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTGAATTGATAAACGCTTTATTCAGAGCCAGTATGATGCGGCCTGGCAGCTCCGTCTGGACAGGTGGGGACGGATCAACTGGGTTGATCGTCATGCAAAGAAAGAGATTATTCTCAAAAAAGAACCCGCCACCAGTTTCTGGAAGCGGGTTATGGTCAGACTGGCGTCGATATTGCCCGTGGAATGGGTATTGTAAATGTGGCTTAACGGGCTGGTGCTTTATCGTTGTCACGCTTAACAACCGGtt > 1:1006238/1‑289 (MQ=255) 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ACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTAGTACATTGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTTAATTGATAAACGCTTTATTCAGAGCCAGTATGATGCGGCCTGGCAGCTCCGTCTGGACAGGTGGGGACGGATCAACTGGGTTGATCGTCATGCAAAGAAAGAGATTATTCTCAAAAAAGAACCCGCCACCAGTTTCTGGAAGCGGGTTATGGTCAGACTGGCGAGCATATTGCCCGTGGAATGGTTATTGTAAATGTGGCTTAACGGGCTGGTGCTTTATCGTTCTCACGCTTAACAACCGGTTTACCAGAGAACAAAAACTTCAGTAACGGGATGCGCAAATGAATTTCATACAGAATTATCGCAATCCCTACTACAAATATCAGGCCACAGAGAAAACCAAGCCAGTTGGAGGTGATGTGCGGTGTAATGTATGCGCCGAAAAACAGCGTTAACGGGTGGTGAACCAGATAGATAAACAGGCTTGCGTTAACAAAATAAGTC > CP042583/950836‑951395 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |