| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 952,175 | 6 bp→TGATGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 952,175 | 0 | A | T | 100.0% | 1116.2 / NA | 468 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 952,176 | 0 | C | G | 99.8% | 1107.4 / NA | 468 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (221/246); minor base A (0/1); total (221/247) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 952,177 | 0 | T | A | 99.8% | 1122.5 / NA | 468 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (220/247); minor base C (1/0); total (221/247) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 952,178 | 0 | A | T | 99.6% | 1106.6 / NA | 468 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (220/246); total (221/247) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 952,179 | 0 | C | G | 100.0% | 1116.3 / NA | 468 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (221/247); total (221/247) | |||||||||||
| * | CP042583 | 952,180 | 0 | T | A | 99.8% | 1116.5 / NA | 468 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (221/246); total (221/247) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 468 total aligned reads displayed.
TCCCAGGCCAACGTATTATATTTGTCATACAAACTCAGCCCAGGCCAACTTTCCGCTTTTCCTTTGACATATTGCAGCATAATAAATTGCGGTAATGTCAGTAGGGGGATGGCTGTTAACATCGGGATACCTACACGTTCGACACGTACTTTCCACCATTTTTTCAAGGGATAGCGTAAAAAAAGCATGTAGGAAAAGTAGCCGGATATAACGAAAAATACCTGCATGCGGAAGCTGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAAACTACTTTCGGCGCTATTCACATGCCATGTATGGCTGCTATAGATTAAAGAAATATGAAAAGGTATCCCTAACAACATCAGCCAGGCGCGGATGGAGTCGAGGAAATATTCACGTTGCGCGGGTACTGGGTTCATATATGGTTAACTAATCTCGGATTTTTCGTCTTATCCCTGTCGGGTTATGCCTTTAGGCTTGTTGCCATAGTGACACCGACCTGACCGCGCCAGGCGCAGGCTTCAAGGTTTTTATGCATAGCATCATCGCTACCACTAAC > CP042583/951906‑952449 |||||| cccAGGCCAACGTATTATATTTGTCATACAATGACAGCCCAGGCCAACTTTCCGCTTTTCCTTTGACATATTGCAGCATAATAAATTGCGGTAATGTCAGTAGGGGGATGGCTGTTAACATCGGGATACCTACACGTTCGACACGTACTTTCCACCATTTTTTCAAGGGATAGCGTAAAAAAAGCATGTAGGAAAAGTAGCCGGATATAACGAAAAATACCTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGATGATTCGGCGCTATTcac < 1:769147/289‑1 (MQ=255) 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ttAAAAAGGGTCAGCCACAATGATGATTCGGCGCTATTCACATGCCATGTATGGCTCGAATAGATTAAAGAAATATGAAAAGGTATCCCTAACAACATCAGCCAGGCGCGGATGGAGTCGAGGAAATATTCACGTTGCGCGGGTACTGGGTTCATATATGGTTAACTAATCTCGGATTTTTCGTCTTATCCCTGTCGGGTTATGCCTTTAGGCTTGTTGCCATAGTGACACCGACCTGACCGCGCCAGGCGCAGGCTTCAAGGTTTTTATGCATAGCATCATCGCTAc > 2:991688/1‑288 (MQ=255) tAAAAAGGGTCAGCCACAATGATGATTCGGCGCTATTCACATGCCATGTATGGCTCGAATAGATTAAAGAAATATGAAAAGGTATCCCTAACAACATCAGCCAGGCGCGGATGGAGTCGAGGAAATATTCACGTTGCGCGGGTACTGGGTTCATATATGGTTAACTAATCTCGGATTTTTCGTCTTATCCCTGTCGGGTTATGCCTTTAGGCTTGTTGCCATAGTGACACCGACCTGACCGCGCCAGGCGCAGGCTTCAAGGTTTTTATGCATAGCATCATCGCTACCa < 1:1137352/289‑1 (MQ=255) aGGGTCAGCCACAATGATGATTCGGCGCTATTCACATGCCATGTATGGCTCGAATAGATTAAAGAAATATGAAAAGGTATCCCTAACAACATCAGCCAGGCGCGGATGGAGTCGAGGAACTATTCACGTTGCGCGGGTACTGGGTTCATATATGGTTAACTAATCTCGGATTTTTCGTCTTATCCCTGTCGGGTTATGCCTTTAGGCTTGTTGCCATAGTGACACCGACCTGACCGCGCCAGGCGCAGGCTTCAAGGTTTTTATGCATAGCATCATCGCTACCACTAAc < 2:381191/289‑1 (MQ=255) |||||| TCCCAGGCCAACGTATTATATTTGTCATACAAACTCAGCCCAGGCCAACTTTCCGCTTTTCCTTTGACATATTGCAGCATAATAAATTGCGGTAATGTCAGTAGGGGGATGGCTGTTAACATCGGGATACCTACACGTTCGACACGTACTTTCCACCATTTTTTCAAGGGATAGCGTAAAAAAAGCATGTAGGAAAAGTAGCCGGATATAACGAAAAATACCTGCATGCGGAAGCTGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAAACTACTTTCGGCGCTATTCACATGCCATGTATGGCTGCTATAGATTAAAGAAATATGAAAAGGTATCCCTAACAACATCAGCCAGGCGCGGATGGAGTCGAGGAAATATTCACGTTGCGCGGGTACTGGGTTCATATATGGTTAACTAATCTCGGATTTTTCGTCTTATCCCTGTCGGGTTATGCCTTTAGGCTTGTTGCCATAGTGACACCGACCTGACCGCGCCAGGCGCAGGCTTCAAGGTTTTTATGCATAGCATCATCGCTACCACTAAC > CP042583/951906‑952449 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |