Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,036,643 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,036,643 | 0 | A | T | 100.0% | 1128.0 / NA | 473 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,036,644 | 0 | G | C | 99.6% | 1103.9 / NA | 473 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (273/196); total (274/199) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,036,645 | 0 | T | A | 99.6% | 1114.0 / NA | 473 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (272/196); minor base G (0/2); total (274/199) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 473 total aligned reads displayed.
TCTATTTTTTAGCCGGGTGATATTTTTCATTTCTGCTGGATGAGCGTCGTCGCCAGAAGGCCACGTGAGCACAAGATAAGAGAACGAAAAATCAGCAGCCTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGGCAAGAACAGACTACTGTATATAAAAACAGTATAACTTCAGGCAGATTATTATGTTGTTTATCAAGCCTGCGGATCTCCGCGAAATTGTGACTTTTCCGCTATTTAGCGATCTTGTTCAGTGTGGCTTTCCTAGTCCGGCAGCAGATTACGTTGAACAGCGCATCGATCTGAATCAACTGTTGATCCAGCATCCCAGCGCGACTTACTTCGTCAAAGCAAGTGGTGATTCTATGATTGATGGTGGAATTAGTGACGGTGATTTACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTAC‑AGCCCCATTACCATCAGTAG > CP042583/1036365‑1036923 ||| attTTTTAGCCGGGTGATATTTTTCATTTCTGCTGGATGAGCGTCGTCGCCAGAAGGCCACGTGAGCACAAGATAAGAGAACGAAAAATCAGCAGCCTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGGCAAGAACAGACTACTGTATATAAAAACGGTATAACTTCAGGCAGATTATTATGTTGTTTATCAAGCCTGCGGATCTCCGCGAAATTGTGACTTTTCCGCTATTTAGCGATCTTGTTCAGTGTGGCTTTCCTTCACCGGCAGCAGa < 2:22874/289‑1 (MQ=255) attTTTTAGCCGGGTGATATTTTTCATTTCTGCTGGATGAGCGTCGTCGCCAGAAGGCCACGTGAGCACAAGATAAGAGAACGAAAAATCAGCAGCCTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGGCAAGAACAGACTACTGTATATAAAAACAGTATAACTTCAGGCAGATTATTATGTTGTTTATCAAGCCTGCGGATCTCCGCGAAATTGTGACTTTTCCGCTATTTAGCGATCTTGTTCAGTGTGGCTTTCCTTCACCGGCAGCAGa < 2:1016868/289‑1 (MQ=255) ttttttAGCCGGGTGATATTTTTCATTTCTGCTGGATGAGCGTCGTCGCCAGAAGGCCACGTGAGCACAAGATAAGAGAACGAAAAATCAGCAGCCTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGGCAAGAACAGACTACTGTATATAAAAACAGTATAACTTCAGGCAGATTATTATGTTGTTTATCAAGCCTGCGGATCTCCGCGAAATTGTGACTTTTCCGCTATTTAGCGATCTTGTTCAGTTTGGCTTTCCTTCACCGGCAGCAGAt > 1:1070595/1‑289 (MQ=255) ttttttAGCCGGGTGATATTTTTCATTTCTGCTGGATGAGCGTCGTCGCCAGAAGGCCACGTGAGCACAAGATAAGAGAACGAAAAATCAGCAGCCTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGGCAAGAACAGACTACTGTATATAAAAACAGTATAACTTCAGGCAGATTATTATGTTGTTTATCAAGCCTGCGGATCTCCGCGAAATTGTGACTTTTCCGCTATTTAGCGATCTTGTTCAGTGTGGCTTTCCTTCACCGGCAGCAGa > 2:655397/1‑288 (MQ=255) tttAGCCGGGTGATATTTTTCATTTCTGCTGGATGAGCGTCGTCGCCAGAAGGCCACGTGAGCACAAGATAAGAGAACGAAAAATCAGCAGCCTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGGCAAGAACAGACTACTGTATATAAAAACAGTATAACTTCAGGCAGATTATTATGTTGTTTATCAAGCCTGCGGATCTCCGCGAAATTGTGACTTTTCCGCTATTTAGCGATCTTGTTCAGTGTGGCTTTCCTTCACCGGCAGCAGATTAc > 1:256690/1‑289 (MQ=255) gTGATATTTTTCATTTCTGCTGGATGAGCGTCGTCGCCAGAAGGCCACGTGAGCACAAGATAAGAGAACGAAAAATCAGCAGCCTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGGATCAGTATTGATCTGCTGGCAAGAACAGACTACTGTATATAAAAACAGTATAACTTCAGGCAGATTATTATGTTGTTTATCAAGCCTGCGGATCTCCGCGAAATTGTGACTTTTCCGCTATTTAGCGATCTTGTTCAGTGTGGCTTTCCTTCACCGGCAGCAGATTACGtt < 2:208829/283‑1 (MQ=255) gTGATATTTTTCATTTCTGCTGGATGAGCGTCGTCGCCAGAAGGCCACGTGAGCACAAGATAAGAGAACGAAAAATCAGCAGCCTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCTGAATCAGTATTGATCTGCTGGCAAGAACAGACTACTGTATATAAAAACAGTATAACTTCAGGCAGATTATTATGTTGTTTATCAAGCCTGCGGATCTCCGCGAAATTGTGACTTTTCCGCTATTTAGCGATCTTGTTCAGTGTGGCTTTCCTTCACCGGCAGCAGATTACGTTGAACa < 2:404581/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |