Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 484,289 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 484,289 | 0 | G | C | 99.6% | 560.1 / ‑5.3 | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 484,290 | 0 | C | G | 99.6% | 549.2 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (124/113); total (125/114) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 484,291 | 0 | T | A | 99.2% | 540.7 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (123/112); total (125/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
GGTCGCGCTCAGGCCAACAATGCTGTAAGGACTAATTTCTTTGGTTTCCGGTCCAACCGCTGGCTGACCTTTATAGTTGTACTTCTTCGGCTGCTGCTTGCCGTACCAGGTGAAGGTCGTTTGCATGCTCAAATCTTCCCGTGCCTGCCAGCTCAGCGTACTGTTCAACGTATACTCCGGGATGATGCTCAAACGGTCGCCCGTGGTTTTGTTTTCACTCTTCAGCATATAAGTGATGTTATTGGTCCACATCACCGTTTCGCTAACCGGTACGTTTAAGCTTC‑CTTCCAGACCTTCAACCACCGCTTTCGGCACGTTATCCCACTGATAGAGATCGGTGCCGACTGCGTTTTGCCCTACAGCCACATAGCCCGCTTCAATCTTATTGCGATAATCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGT > CP042583/484010‑484572 ||| ggTCGCGCTCAGGCCAACAATGCTGTAAGGACTAATTTCTTTGGTTTCCGGTCCAACCGCTGGCTGACCTTTATAGTTGTACTTCTTCGGCTGCTGCTTGCCGTACCAGGTGAAGGTCGTTTGCATCGACAAATCTTCCCGTGCCTGCCAGCTCAGCGTTGAGTTCAACGTATACTCCGGGATGATCGACAAACGGTCGCCCGTGGTTTTGTTTTCACTCTTCAGCATATAAGTGATGTTATTGGTCCACATCACCGTTTCGCTAACCGGTACGTTTAACgatc‑cttc > 2:1867775/1‑288 (MQ=255) 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ttttacgttc‑cttccAGCACTTCAACCACCTCTTTCGGCACGTTATCCCACTGTTAGAAGTCGATGCCGCCTGCGTTTTGGCCTCACGCGACATCGCCCTCTCCACTCGTATTGCGATAATCGTTACGTAACCCGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGTTTTCTGCTTTCAGGGCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTAGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGt < 2:422126/282‑1 (MQ=255) ||| GGTCGCGCTCAGGCCAACAATGCTGTAAGGACTAATTTCTTTGGTTTCCGGTCCAACCGCTGGCTGACCTTTATAGTTGTACTTCTTCGGCTGCTGCTTGCCGTACCAGGTGAAGGTCGTTTGCATGCTCAAATCTTCCCGTGCCTGCCAGCTCAGCGTACTGTTCAACGTATACTCCGGGATGATGCTCAAACGGTCGCCCGTGGTTTTGTTTTCACTCTTCAGCATATAAGTGATGTTATTGGTCCACATCACCGTTTCGCTAACCGGTACGTTTAAGCTTC‑CTTCCAGACCTTCAACCACCGCTTTCGGCACGTTATCCCACTGATAGAGATCGGTGCCGACTGCGTTTTGCCCTACAGCCACATAGCCCGCTTCAATCTTATTGCGATAATCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGT > CP042583/484010‑484572 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |