Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,041,039 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,041,039 | 0 | A | T | 99.8% | 1063.5 / NA | 450 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,041,040 | 0 | G | C | 99.8% | 1047.0 / NA | 449 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (230/217); minor base T (1/0); total (232/217) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,041,041 | 0 | C | G | 99.6% | 1061.1 / NA | 449 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (231/216); minor base T (1/1); total (232/217) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 450 total aligned reads displayed.
GGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTAGTGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAGTGTTACAGCGTCTGGCACGAGATGGCTGGTTGACCATTCAACATGGCAAGCCGACGAAGGTGAATAATTTCTGGGAAACTTCCGGTTTAAATATCCTTGAAACACTGGCGCGACTGGATCACGAAAGTGTGCCGCAGCTTATTGATAATTTGCTGAGCGTGCGTACCAATATTTCCACTATTTTTATTCGCACCGCGTTTCGTCAGCATCCCGATAAAGCGCAGGAAGTGCTGGCTACCGCTAATGAAGTGGCCGATCACGCCGATGCCTTTGCCGAGCTGGATTACAACATATTCCGCGGCCTGGCGTTTGCTTCCGGCAACCCGATTTACGGTCTGATTCTTAACGGGATGAAAGGGCTGTATACGCGTATTGGTCGTCACTATTTCGCCAATCCGGAAGCGCGCAGTCTGGCGCTGGGCTTCTACCACAAAC > CP042583/1040760‑1041318 ||| ggTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAGTGTTACAGCGTCTGGCACGAGATGGCTGGTTGACCATTCAACATGGCAAGCCGACGAAGGTGAATAATTTCTGGGAAACTTCCGGTTTAAATATCCTTGAAACACTGGCGCGACTGGATCACGAAAGTGTGCCGCAGCTTATTGATAATTTGCTGTcggtgcgt < 2:915304/288‑1 (MQ=255) 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ttATTGATAATTTGCTGTCGGTGCGTACCAATATTTCCACTATTTTTATTCGCACCGCGTTTCGTCAGCATCCCGATAAAGCGCAGGAAGTGCTGGCTACCGCTAATGAAGTGGCCGATCACGCCGATGCCTTTGCCGAGCTGGATTACAACATATTCCGCGGCCTGGCGTTTGCTTCCGGCAACCCGATTTACGGTCTGATTCTTAACGGGATGAAAGGGCTGTATACGCGTATTGGTCGTCACTATTTCGCCAATCCGGAAGCGCGCAGTCTGGCGCTGGGCtt < 1:656320/286‑1 (MQ=255) aTTTGCTGTCGGTGCGTACCAATATTTCCACTATTTTTATTCGCACCGCGTTTCGTCAGCATCCCGATAAAGCGCAGGAAGTGCTGGCTACCGCTAATGAAGTGGCCGATCACGCCGATGCCTTTGCCGAg < 2:59783/131‑1 (MQ=255) aTTTGCTGTCGGTGCGTACCAATATTTCCACTATTTTTATTCGCACCGCGTTTCGTCAGCATCCCGATAAAGCGCAGGAAGTGCTGGCTACCGCTAATGAAGTGGCCGATCACGCCGATGCCTTTGCCGAGCTGGATTACAACATATTCCGCGGCCTGGCGTTTGCTTCCGGCAACCCGATTTACGGTCTGATTCTTAACGGGATGAAAGGGCTGTATACGCGTATTGGTCGTCACTATTTCGc > 2:1137097/1‑244 (MQ=255) ||| GGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTAGTGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAGTGTTACAGCGTCTGGCACGAGATGGCTGGTTGACCATTCAACATGGCAAGCCGACGAAGGTGAATAATTTCTGGGAAACTTCCGGTTTAAATATCCTTGAAACACTGGCGCGACTGGATCACGAAAGTGTGCCGCAGCTTATTGATAATTTGCTGAGCGTGCGTACCAATATTTCCACTATTTTTATTCGCACCGCGTTTCGTCAGCATCCCGATAAAGCGCAGGAAGTGCTGGCTACCGCTAATGAAGTGGCCGATCACGCCGATGCCTTTGCCGAGCTGGATTACAACATATTCCGCGGCCTGGCGTTTGCTTCCGGCAACCCGATTTACGGTCTGATTCTTAACGGGATGAAAGGGCTGTATACGCGTATTGGTCGTCACTATTTCGCCAATCCGGAAGCGCGCAGTCTGGCGCTGGGCTTCTACCACAAAC > CP042583/1040760‑1041318 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |