Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 485,171 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 485,171 | 0 | G | C | 100.0% | 443.3 / NA | 192 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (92/100); total (92/100) | |||||||||||
* | CP042583 | 485,172 | 0 | C | G | 99.5% | 447.5 / NA | 192 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (92/99); total (92/100) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 485,173 | 0 | T | A | 96.9% | 432.8 / NA | 192 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (91/95); minor base G (1/5); total (92/100) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.14e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
TCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGGCTGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTGCTGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGGCTTTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCC > CP042583/484893‑485446 ||| tCCTTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCGAGCGGGtat < 1:701830/289‑1 (MQ=255) ccGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCGAGCGGGtata < 1:489812/289‑1 (MQ=255) gTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCGAGCGGGTATAgg > 2:622352/1‑289 (MQ=255) aCCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGaa > 1:710316/1‑289 (MQ=255) gcgtcagcgtcTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTAGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCCCCGTTCCAGGTCAGCGTGTCGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCACTCTTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGa > 2:1185219/1‑289 (MQ=255) cgtcagcgtcTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGAg > 2:539520/1‑289 (MQ=255) gtgagcgtcTGGTTAACGAGGAAAGCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGGGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGAATCgg < 2:1697984/283‑1 (MQ=255) 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ggAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGc < 1:1808842/288‑1 (MQ=255) aaaTCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCGCCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGcc < 1:367750/287‑1 (MQ=255) tcaatcGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCAt < 2:1936228/289‑1 (MQ=255) tcaatcGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCAt < 1:1565674/289‑1 (MQ=255) tcaatcGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCAt < 1:550737/289‑1 (MQ=255) aaCTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTgg < 2:1868738/289‑1 (MQ=255) 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cGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTAc < 1:444718/167‑1 (MQ=255) tggttTCATCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCCCGCGTCACCCGGGGTTTGGTCGGGGTTGCCATACAACCGGAAGCGGATTtc > 1:218490/1‑289 (MQ=255) tggttTCATCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCTTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGTTTGCCATACAAACGGAACCTGAAtta > 2:324642/1‑288 (MQ=255) aTCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTttg < 1:1008253/148‑1 (MQ=255) aTCGCCATATTTCGAGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGcc > 2:88147/1‑288 (MQ=255) ||| TCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGGCTGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTGCTGCGGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGGCTTTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCC > CP042583/484893‑485446 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |