Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,456,145 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,456,145 | 0 | A | T | 99.3% | 649.6 / NA | 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,456,146 | 0 | G | C | 99.6% | 647.8 / ‑4.8 | 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (154/124); minor base T (1/0); total (155/125) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.48e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,456,147 | 0 | T | A | 99.6% | 661.3 / NA | 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (155/124); minor base C (0/1); total (155/125) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.46e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
CGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTAAGCATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTGGGGGCCATCAACACCATCGTTAATGATGATGGCTATCTGCGTGGCTATAACACCGACGGCACGGGCCATATTCGCGCCATTAAAGAGAGCGGTTTTGATATCAAAGGCAAAACGATGGTGCTGTTAGGGGCCGGTGGTGCCAGTACGGCAATTGGCGCGCAGGGGGCAATTGAAGGTTTAAAAGAAATTAAACTCTTTAACCGTCGGGATGAGTTCTTCGATAAAGCCCTCGCCTTCGCGCAGCGGGTTAATGAAAACACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAAAGTTTGGTTAATGATATCAGTCTGTTACATCCGGGACTTCTGGT > CP042583/1455865‑1456425 ||| cGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCGATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTGGGGGCCATCAACACCATCGTTAATGATGATGGCTATCTGCGTGGCTATAACACCGACGGCACGGGCCATATTCGCGCCATTAAAGAGAGCGGTTTTGATATCAAAGGCAAAACGATGGTGCTGTTAGGGGCCGGTGGTGCCTCAACGGCa > 2:1616181/1‑289 (MQ=255) aTAGCTTTCCTGGAGAAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCGATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTGGGGGCCATCAACACCATCGTTAATGATGATGGCTATCTGCGTGGCTATAACACCGACGGCACGGGCCATATTCGCGCCATTAAAGAGGGCGGTTTTGATATCAAAGGCAAAACGATGGTGCTGTTAGGGGCCGGTGGTGCCTCAACGGCAATTGGCGCGCAggg < 1:999949/289‑1 (MQ=255) tAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCGACGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTGGGGGCCATCAACACCATCGTTAATGATGATGGCTATCTGCGTGGCTATAACACCGACGGCACGGGCCATATTCGCGCCATTAAAGAGAGCGGTTTTGATATCAAAGGCAAAACGATGGTGCTGTTAGGGGCCGGTGGTGCCTCAACGGCAATTGGCGCGCAggg < 2:193231/288‑1 (MQ=255) cTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCGATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTGGGGGCCATCAACACCATCGTTAATGATGATGGCTATCTGCGTGGCTATAACACCGACGGCACGGGCCATATTCGCGCCATTAAAGAGAGCGGTTTTGATATCAAAGGCAAAACGATGGTGCTGTTAGGGGCCGGTGGTGCCTCAACGGCAATTGGCGCGCAGGGGGCAATTGa < 1:1993074/289‑1 (MQ=255) aTTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCGATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTGGGGGCCATCAACACCATCGTTAATGATGATGGCTATCTGCGTGGCTATAACACCGACGGCACGGGCCATATTCGCGCCATTAAAGAGAGCGGTTTTGATATCAAAGGCAAAACGATGGTGCTGTTAGGGGCCGGTGGTGCCTCAACGGCAATTGGCGCGCAGGGGGCAATTGAAGGTTTaa > 1:108089/1‑289 (MQ=255) aaaaGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCGATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTGGGGGCCATCAACACCATCGTTAATGATGATGGCTATCTGCGTGGCTATAACACCGACGGCACGGGCCATATTCGCGCCATTAAAGAGAGCGGTTTTGATATCAAAGGCAAAACGATGGTGCTGTTAGGGGCCGGTGGTGCCTCAACGGCAATTGGCGCGCAGGGGGCAATTGAAGGTTTAAAAGAAATTaaa < 1:357918/289‑1 (MQ=255) cgcgGAACTGGTGTATCGATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTGGGGGCCATCAACACCATCGTTAATGATGATGGCTATCTGCGTGGCTATAACACCGACGGCACGGGCCATATTCGCGCCATTAAAGAGAGCGGTTTTGATATCAAAGGCAAAACGATGGTGCTGTTAGGGGCCGGTGGTGCCTCAACGGCAATTGgcgcg > 2:501770/1‑240 (MQ=255) 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gtggtgCCTCAACGGCAATTGGCGCGCAGGGGGCAATTGAAGGTTTAAAAGAAATTAAACTCTTTAACCGTCGGGATGAGTTCTTCGATAAAGCCCTCGCCTTCGCGCAGCGGGTTAATGAAAACACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCTTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAATCATTGGTTACTGATATCAGTCTGTTACACCCGGGACTTCtag > 2:1899199/1‑286 (MQ=255) gtggtgCCTCAACGGCAATTGGCGCGCAGGGGGCAATTGAAGGTTTAAAAGAAATTAAACTCTTTAACCGTCGGGATGAGTTCTTCGATAAAGCCCTCGCCTTCGCGCAGCGGGTTAATGAAAACACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATTAATCATTGGTTAATTATATTAGGCTGTTACAACCGGGACtttgtg > 2:46465/1‑284 (MQ=255) ||| CGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTAAGCATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTGGGGGCCATCAACACCATCGTTAATGATGATGGCTATCTGCGTGGCTATAACACCGACGGCACGGGCCATATTCGCGCCATTAAAGAGAGCGGTTTTGATATCAAAGGCAAAACGATGGTGCTGTTAGGGGCCGGTGGTGCCAGTACGGCAATTGGCGCGCAGGGGGCAATTGAAGGTTTAAAAGAAATTAAACTCTTTAACCGTCGGGATGAGTTCTTCGATAAAGCCCTCGCCTTCGCGCAGCGGGTTAATGAAAACACCGATTGTGTCGTCACGGTCACCGATCTCGCCGATCAGCAAGCCTTTGCTGAAGCCCTGGCTTCCGCCGACATTTTAACCAATGGCACAAAAGTGGGTATGAAACCCCTTGAGAATGAAAGTTTGGTTAATGATATCAGTCTGTTACATCCGGGACTTCTGGT > CP042583/1455865‑1456425 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |