Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,459,378 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,459,378 | 0 | A | T | 99.6% | 595.8 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,459,379 | 0 | G | C | 100.0% | 601.6 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (127/127); total (127/127) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,459,380 | 0 | T | A | 99.6% | 600.9 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (127/126); minor base C (0/1); total (127/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
CGATGGGTTTTGTCCTGCCTGAAGCGGCTCATTAACAGGAGTATAATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGAGTAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCAGTGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTG > CP042583/1459099‑1459650 ||| cgATGGGTTTTGTCCTGCCTGAAGCGGCTCATTAACAGGAGTATAATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCg > 1:999166/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |