| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,465,054 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,465,054 | 0 | A | T | 99.6% | 604.3 / ‑5.6 | 259 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,465,055 | 0 | G | C | 99.6% | 603.8 / NA | 259 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (130/128); total (130/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,465,056 | 0 | C | G | 100.0% | 603.6 / NA | 259 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (130/129); total (130/129) | |||||||||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
CTTTATAAGCAGGATGACGCAGGAAACATTCATTTTGATTCCGCCGGTTGTCTGGAGTGCGGCACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAAAGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTAGCCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCAAGCTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAAAGTGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGTTTCCGTGCCGCTGTTGCCTTCCTGGCGGGAAGCAGAACTGGTGTGGGTGCTC > CP042583/1464776‑1465335 ||| cTTTATAAGCAGGATGACGCAGGAAACATTCATTTTGATTCCGCCGGTTGTCTGGAGTGCGGCACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAAAGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCg < 1:407630/288‑1 (MQ=255) taAGCAGGATGACGCAGGAAACATTCATTTTGATTCCGCCGGTTGTCTGGAGTGCGGCACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAAAGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGAtt > 1:1007693/1‑286 (MQ=255) aGGATGACGCAGGAAACATTCATTTTGATTCCGCCGGTTGTCTGGAGTGCGGCACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAAAGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGgc < 1:759633/287‑1 (MQ=255) aTGACGCAGGAAACATTCATTTTGATTCCGCCGGTTGTCTGGAGTGCGGCACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAAAGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGcagcag > 1:315292/1‑289 (MQ=255) aTGACGCAGGAAACATTCATTTTGATTCCGCCGGTTGTCTGGAGTGCGGCACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAAAGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGcagcag > 2:139323/1‑289 (MQ=255) aTGACGCAGGAAACATTCATTTTGATTCCGCCGGTTGTCTGGAGTGCGGCACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGGTCTGTTTCGAGAGTCCAACAGGAAAGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCCAGGGGTATGGGGCGATGCTTCGCTTGCCGGTTACTGtcagacg > 2:1837213/1‑286 (MQ=255) gACGCAGGAAACATTCATTTTGATTCGGCCGGTTGTCTGGAGTGCGGAACCTGTCGGGTGCTGTGCGGTAACCCTATTCTCGAACAGTGGAAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAAAGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGAc < 2:3645/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |